任毅 赵泓 寇青禾 江姣 张海英 侯文菊 邹小花 孙宏贺 宫国义 许勇

目的与意义：现代西瓜品种的遗传基础较窄，然而西瓜中有几个亚种具有广泛遗传多样性，它们可以成为改良西瓜品种的有用种质资源。当前西瓜基因组资源和遗传图谱有限，并需要开发一种可用于鉴定西瓜染色体的细胞遗传学图谱，其能够划定栽培西瓜与其它相关的西瓜属植物之间存在的结构差异。现如今，还没有任何关于西瓜基因组序列的高密度遗传连锁图谱的报道，致使西瓜在不同品种之间遗传多样性较低。所以，构建高密度的西瓜遗传连锁图谱成为当下之需。

材料与方法：使用栽培种‘97103和野生种‘PI 296341-FR杂交单粒传构建的103株系重组自交系（RILs）选择96株。从栽培种‘97103基因组组装scaffolds和野生种‘PI 296341-FR的基因组序列读取来开发SSR（简单重复序列），InDel（插入缺失）和SV（结构变异）标记。利用栽培种‘97103和野生种‘PI 296341-FR構建的103株RIL群体进行遗传作图。使用JoinMap进行图谱的构建，计算片段的重组率。利用细菌人工染色体（BAC），5S和45S rDNA探针，用于荧光原位杂交（FISH）。

结果与分析：SSR、InDel和SV标记是基于栽培种‘97103组装的353 M基因组scaffolds 序列和野生种‘PI 296341-FR的重测序数据开发的。研究中共鉴定了13 744个假设的SSR位点。在消除多种同源性的SSR基因后，选择具有长重复基序的1 877个特有SSR用于与RIL群体的亲本系（‘97103和‘PI 296341-FR）的多态性分析。在1 877个SSR中，787个（41.9%）在PCR扩增后显示出栽培种‘97103和野生种‘PI 296341-FR之间的多态性。在仅选择5～10 bp内的InDel和120 bp至1 500 bp的SV，获得3 759个InDel和584个SV。选择InDels标记303个和SV标记54个用于2个RIL亲本之间的多态性分析，结果显示303个InDel标记中的290个标记和所有54个SV标记在父母本之间是多态的。……