MiR-206在梅山猪卵巢中的表达及其靶基因的生物学信息分析
2019-08-21褚颜姣
褚颜姣
摘 要 本研究探讨miRNA-206在梅山猪不同直径卵巢中的表达,利用Targetscan 6.2进行靶基因的预测,得出其靶基因总数为588个,主要有抗药蛋白、溶血磷脂酸受体5、冠蛋白与肌动蛋白结合蛋白等,利用DAVID 数据库,进行KEGG 信号转导通路富集分析,采用Cytoscape3.0及其插件KEGGscape插件,获得靶基因功能富集通路图。结果表明:其靶基因功能富集在细胞通讯连接、定位调控、刺激反应和发育过程等生物学功能,蛋白结合、结合酶、核酸结合等分子功能,细胞连接和核控等细胞组分;KEGG通路则显著富集于蛋白定位、蛋白转移等信号通路中。
关键词; miR-206; 卵巢;生物学信息;梅山猪
微小RNA是一类非编码、内源性的短小RNA,存在于真核细胞当中,具有组织特异性或发育阶段特异性表达特征,其作用机制是通过与靶mRNA 的3′端非翻译区(UTR)完全或不完全配对从而降解靶mRNA 或抑制mRNA 的正常翻译, 进而对基因转录后表达进行调控。卵巢是动物体内重要的生殖器官之一,对动物生殖调控过程具有重要影响。本研究关注miR-206在卵巢中的表达将对分子水平的人类配子的发育机制有更清晰的认识,同时也将为生殖医学发展提供新动力。[1]
1 材料与方法
1.1 梅山猪卵巢卵泡获取
从梅山猪保种基地获取成年梅山猪卵巢,应用40℃ PBS漂洗,依据卵泡大小进行分类,将获得的卵泡存放于-80℃冰箱冻存,待用。
1.2 卵泡总RNA提取
(1) 将lml的Trizol加入lml离心管中。
(2) 各取300-500mg不同直径卵泡置入低温下的陶瓷碾碾成粉末,将粉末迅速转入上述离心管中,混合均匀。
(3) 加入0.2ml氯仿,盖紧,剧烈震荡30s,室温下放置5min。……
