黄瓜PP2-A1蛋白的生物信息学分析
2019-08-13庞宁宁樊怀福王哲
江苏农业科学 2019年2期
庞宁宁 樊怀福 王哲


摘要:韧皮部蛋白2(PP2)是植物特异性的韧皮部蛋白,通过参与植物调控其细胞内基因表达水平和产物活性来应对自然界中的各种胁迫,对于维持植物株体形态、体内物质运转和保护愈合植物伤口有重要意义。以前期克隆得到的黄瓜(Cucumis sativus)PP2-A1蛋白序列为对象,利用生物信息学方法,对黄瓜PP2-A1蛋白序列进行生物学功能分析。结果表明,黄瓜PP2-A1蛋白具有亲水性,比较不稳定,半衰期短,无信号肽段,没有跨膜结构,是定位在胞质的非分泌蛋白;结合对其二级结构和三级结构的预测分析,得出PP2-A1是以无规则卷曲和延伸链为主的片层结构;构建PP2的系统发育树,发现其与香瓜亲缘关系最近,同时预测其结构功能域,发现其具有1个典型的PP2结构功能域。
关键词:黄瓜;PP2-A1蛋白;分子生物信息学;亲水性;系统发育树
中图分类号: S642.201 文献标志码: A 文章编号:1002-1302(2019)02-0046-03
韧皮部蛋白(phloem protein,PP)是从植物韧皮部汁液中提取出来的能特异性结合几丁质的一种凝集素[1-2],植物韧皮部蛋白是通过调控植物细胞内基因表达水平和产物活性来应对自然界中的各种胁迫参与到植物生命活动中,对于维持植物株体形态、内体物质的运转和愈合植物伤口有着重要意义[3]。韧皮部蛋白2(PP2)是韧皮部汁液中最丰富、最神秘的蛋白质之一,韧皮部蛋白基因2在植物界的广泛分布也表明它们在维管植物中是古老的、常见的[4],它是一种二聚体几丁质结合凝集素,能够在同化物流中起转运的作用,并且其中的凝集素活性或RNA结合特性可以在长距离上发挥功能[5-6]。……
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