对中东亚人群胃癌相关易感基因的挖掘

2019-06-27安覃景李思思韩崇旭

国际检验医学杂志 2019年12期

安覃景，李思思，韩崇旭,3△

(1.大连医科大学研究生院，辽宁大连 116044；2.江苏省苏北人民医院/扬州大学临床医学院临床医学检验中心，江苏扬州 225001；3.扬州大学医学院研究生院，江苏扬州 225001)

胃癌是我国常见的肿瘤之一[1]，由于其早期临床症状不明显，潜伏期较长，故大部分患者确诊时已处于晚期阶段。因此，胃癌的早发现、早诊断和早治疗在提高患者生存率方面显得尤为重要。近年来，生物信息学方法已成为筛选易感基因的常用分析工具。本研究通过基因表达数据库(GEO)对中东亚人群的胃癌易感基因进行挖掘，旨在从基因角度探索其发病机制，从而对胃癌的诊断和治疗提供帮助。

1 资料与方法

1.1一般资料本研究资料均来自于GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)中东亚人群胃癌数据集GSE56807和GSE63089。

1.2研究方法在GEO数据库中利用GEO2R平台的limma包分别对2个数据集的癌症组织和正常胃组织进行分析，取其交叉的差异表达基因提取相应数据文件，进而采用DAVID6.8(https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp)在线对已获取的差异表达基因分别从生物学过程(BP)、细胞组分(CC)、分子功能(MF)3个方面进行基因本体(GO)富集分析，并利用KOBA3.0(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/)对其进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号转导通路分析。最终，利用STRING(http://string-db.org/)数据库分析已获取差异表达基因的相互作用，并去除孤立基因。

1.3统计学处理利用GEO2R平台对数据进行统计学分析，组间比较采用t检验及Bayes检验，并对结果进行筛选，条件如下：(1)P<0.05表示差异有统计学有意义；(2)基因的表达量差异在4.00倍以上或0.25倍以下。GO富集分析采用Fisher精确检验，以P<0.05为差异有统计学意义。KEGG信号转导通路分析采用Fisher精确检验，以P<0.01为差异有统计学意义。