闫思宇, 朱鹏, 龚伟*, 王景燕, 吴开志, 吴春艳, 李海平, 龚毅红, 段琼



基于RAD-SNPs分析的四川核桃良种资源的遗传多样性研究

闫思宇1*, 朱鹏1*, 龚伟1**, 王景燕1, 吴开志2, 吴春艳2, 李海平2, 龚毅红2, 段琼2

(1. 四川农业大学林学院, 成都 611130; 2. 四川省林木种苗站, 成都 610081)

为了解四川核桃()种质资源的遗传多样性，利用RAD二代测序技术对42份核桃良种资源进行测序，分析其遗传结构和遗传多样性。结果表明，共获得70G clean data，Q30平均为96.3%，并获得160 309个多态性SNPs。聚类、遗传结构和主成分分析结果高度一致，42份种质资源聚为两大类，基本反映了两个原始祖先血统，即普通核桃类(AJR，33份)和泡核桃类(AJS，9份)，两类群具较高的遗传分化(ST=0.285)，且分类与地理位置分布和种群相关；且修正了‘威薄01’、‘白龙1号’和‘石棉巨核’3个品种的类群认定。AJS和AJR类群中分别有9和14个良种为纯血统且亲缘关系较远，而其余的良种均为两个血统的混杂。42个核桃良种资源的核苷酸多样性[P()]和期望杂合度()分别为0.029和0.286，表明这些资源具有丰富的遗传多样性，相对于AJR类群，AJS类群的杂合率()与核苷酸多态性更大，而SNP数更少，AJS遗传多样性更丰富。这些为四川的核桃种质资源保存和杂交育种研究奠定了基础。

RAD-SNP；普通核桃；泡核桃；遗传多样性

植物种质资源是生产发展的基础性、战略性资源，是良种选育的原始材料、品种改良的物质基础，种质资源拥有的数量和研究的深入程度是决定育种效果的关键[1]。种质资源保护和保存的本质是遗传多样性的保护和保存，因此种质资源保护与保存是否有效，关键在于对种质资源的遗传类群、遗传关系、遗传多样性等遗传背景信息的研究和评估。……