罗文涛 何启盖 陈芳洲 李 静 周杰珑

(1. 西南林业大学生命科学学院，云南 昆明 650224；2. 华中农业大学农业微生物学国家重点实验室，湖北 武汉 430070；3. 华中农业大学动物医学院，湖北 武汉 430070)

猪腹泻病对我国乃至全球生猪产业危害巨大[1]，造成猪群腹泻的病原主要是病毒，其次是细菌和寄生虫等[2]。猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV)、猪流行性腹泻病毒 (PEDV)、猪A群轮状病毒 (PoARV)、猪C群轮状病毒 (PoCRV)、猪圆环病毒2型 (PCV2) 是常见的病毒性腹泻病原[3-4]。针对病毒性病原的常规检测方法包括：病毒分离鉴定、常规PCR、荧光定量PCR、中和试验、间接免疫荧光 (IFA)、ELISA等方法，但是以上方法都建立在已获得病毒基因序列和相应抗体的基础上，无法检测未知的病毒。

下一代测序技术 (NGS) 又称第2代测序或高通量测序，是新世纪开始发展起来的新测序技术，在2007年NGS被 《Nature Methods》 评选为生物领域影响力最大的突破性技术[5]。NGS的发展为生物学领域的研究提供了新的思路，在微生物、植物、人类疾病方面都得到了广泛应用，近几年在兽医领域也愈发受到重视，开始在与动物疾病相关的病原学、基因组学、流行病学等领域得到应用。基于NGS发展起来的病毒宏基因组学实现了对海洋、污水、淡水湖[6-7]及蝙蝠、火鸡、猪等动物的组织、粪便、血液[8-10]中病毒群落的宏基因组学分析。该技术具有高通量、高精度、高效率等1代测序不可比拟的优势，可以一次性检测出环境(有机环境和无机环境)中的所有病毒核酸，有助于同时检测多种猪群疾病和发现新的病原。……