APP下载

Rayyan:一种新型在线文献管理软件在系统评价中的应用

2018-07-05李洁莉李胜徐畅张超黄静宇阮晓岚李卓

中国循证心血管医学杂志 2018年3期
关键词:菜单页面文献

李洁莉,李胜,徐畅,张超,黄静宇,阮晓岚,李卓

文献筛选是系统评价/Meta分析中重要的一个步骤,筛选过程在一定程度上能反映系统评价/Meta分析的质量[1]。当前较为常用的文献管理软件有Endnote、Note Express、Reference Manager等[2]。其中,Endnote、Reference为国外软件,而Note Express为国内软件,均具有强大的文献管理功能。这些软件给系统评价/Meta分析的制作带来了极大便利[3]。与此同时,这些软件均为收费软件,在一定程度上限制了其应用。

卡塔尔计算机研究所(Qatar Computer Research Institute)于2015年推出了一款在线文献管理软件,Rayyan,通过网页操作即可实现文献管理的功能[4]。该软件完全免费,用户通过邮箱注册后即可使用。并且该软件可对文献筛选者实施盲法处理,为规范文献筛选流程提供了很好的解决方案。相对于传统文献筛选软件,Rayyan具

备一些特殊功能,比如根据关键词对纳入文献进行自动评级。本文对Rayyan软件进行详细介绍,以期为循证实践提供相关理论参考。

1 软件的获取及注册

1.1 软件的获取 Rayyan在线网页应用程序可通过其官方网站直接访问:https://rayyan.qcri.org。同时,Rayyan还发布了手机应用程序——Rayyan QCRI,在苹果应用商店下载相关应用程序(app)后安装即可免费使用[4]。

1.2 软件的注册 Rayyan默认的注册(Sign Up)方式为邮箱注册,在官方网页点击Sign up菜单后,填写邮箱、头衔、姓、名、职位、单位、所在国家、注册理由等信息后,即可注册(图1)。Rayyan也支持“访客账户”,即无需注册通过Access as guest(访客形式使用)可直接进入功能页面。

2 软件的功能介绍

2.1 软件主要页面介绍 注册成功(或以访客形式使用)后,即进入主要界面(图2)。主界面存在四个菜单分别为:My Reviews(我的系统评价)、Collaboration Reviews(合作的系统评价)、Translation only Reviews(仅翻译的系统评价)、Other Reviews(其他系统评价)。其中使用最多的为My Reviews和Collaboration Reviews。

图1 Rayyan注册界面

图2 Rayyan主要功能界面

在My Reviews菜单下,点击“New review”新建一个系统评价,依次输入系统评价标题、描述(可选)、并导入相关文献后即可进行相关操作(图3);而Collaboration Reviews需收到其他作者邀请后可进入该系统评价小组参与文献管理工作。Other Reviews菜单下为系统放置的示例。在主菜单下面,还有个独立菜单:Show archived reviews,作用为显示归档的系统评价。在系统评级完成或放弃制作后,可进行归档处理。

2.2 软件主要功能介绍 Rayyan主要有四种功能:新建系统评价、导入文献、筛选文献、导出文献。新建系统评价的实现如前所述。Rayyan同时具有兼容性较强的文献导入功能,可直接导入Endnote或其他文献管理软件导出的格式,也支持数据库导出的格式。在新建系统评价后,会进入Upload References(上传文献)页面(图4),页面右侧列出了支持文献的格式。支持的主要格式有:Endnote Export格式(.enw)、Refman/RIS格式(.ris)、BibTex格式(.bib)、CSV格式(.csv)、PubMed XML格式(.xml)、Web of Science/CIW格式(.ciw)。另外,Rayyan还支持一些其他格式,如Txt、docx。

选择(Select files)对应格式的文件后,点击“Continue”上传文件(图4)。在My Reviews或受邀请的Collaboration Reviews下找到新建的系统评价题目(图5),即可进行文献筛选操作。界面下有四个子菜单:Show(显示)、Invite(邀请)、Archive(归档)、Delete(删除),分别对应显示文献管理主页面、邀请系统评价员参与文献管理或筛选、对系统评价进行归档、删除系统评价。文献筛选在点击“Show”菜单后进入的文献管理主页面进行。

图3 新建系统评价界面

图4 文献导入

原则上文献筛选要求由2名评价员分别单独筛选,因此至少需要另邀请1名评价员进行文献筛选[5]。Rayyan文献筛选功能支持对2名(或多名)评价员实施盲法处理,通过“Blind on”(打开盲法)菜单实现,由第3位评价员设置盲法后,所有被邀请作者,特别是进行文献筛选的2名作者无法看到对方进度和对文献的决定。该功能有效保证了文献筛选过程的规范性。当然,通过点击“Blind off”(关闭盲法)菜单,也可不对筛选过程实施盲法,即所有被邀请作者可以看到筛选过程、进度以及文献筛选员的判断。原则上需待2名文献筛选员完成筛选后,再关闭盲法功能,用以了解不一致的判断,计算一致程度(通常使用Kappa检验),并进一步通过讨论解决不一致的判断。文献导出功能则由Export选项实现,将在后文中进行介绍。

3 文献筛选

3.1 文献筛选窗口 本处以软件自带的示例对相关操作进行演示。在Other Reviews页面下找到自带的系统评价题目“ [Public]2014-04-15:EMOLLIENTS 4984(4936 articles)”并点击“Show”菜单进入文献筛选页面(图6)。文献筛选界面有3个窗口。

最左侧的窗口显示“EMOLLIENTS 4984”这项系统评价文献情况。包括重复文献(266篇)及相关处理(删除、已解决等)、文献状态(纳入、排除、待定)、文献判定作者列表(Prof ZbysFedorowicz等)、关键词纳入列表(如:randmoized)、关键词排除列表(如:this review)。其中文献状态栏显示纳入文献(128篇)、排除文献(4936篇)、待定文献(109篇)、决定不一致的文献(1篇)。关键词纳入列表,可通过在相应菜单(Keywords for inclusion)添加相关关键词,表示文献题目和摘要中包含词关键词时,有可能被纳入;同样,对于关键词排除列表,可通过在相应菜单(Keywords for exclusion)添加关键词,表示文献题目和或摘要包含该关键词时,有可能被排除。并且系统会根据作者添加的关键词,对所有文献进行初步判定,并给出可能纳入(排除)的等级,以5颗星表示。当文献获得5颗绿颜色星时(对应0颗红星),表明该文献有很大可能性被纳入,反之,当文献仅获得半颗绿色星时(对应4颗半红星),表明该文献有很大可能被排除。

位于右上的窗口,显示该系统评价新建日期(2014-04-15)、题目及导入文献数量(4936个)。并给出对应文献列表。例如,在左侧窗口

图5 新建的系统评价

点击Undecided后,页面就列出这109篇待定文献的列表。在列表中选择任一文献题目“Efficacy and safety of tacrolimus ointment compared with hydrocortisone treatment in adults with moderate-tosevere atopic dermatitis Abstract”,该文献的题目、摘要及其他信息就会显示在右下侧的窗口,如图6所示。

3.2 文献筛选 由示例(图6)所示,在“EMOLLIENTS 4984(4936 articles)”这篇系统评价下,经过Ranyan自动识别,有266篇重复文献。共4698篇文献被排除,128篇被纳入,1篇存在争议,109篇待定。我们从待定的109篇列表中选择其中1篇,点击题目后可看到页面中部有三个选项:Include(纳入)、Undecide(待定)、Exclude(排除)。并且选项旁边有两个附加功能:Reason和Lable。Reason用于给出排除理由,可自行添加。Lable则对该文献进行进一步标识。根据文献题目和摘要,判断是否纳入或排除。并选择相关选项,即可完成该文献的筛选。本篇文献我们选择排除后,该文献即被移至左侧窗口Exclude栏目,且该栏目数字会增加1,而Undecide栏目数字则会减少1。

3.3 其他功能 页面右上角(图6)有个Rating选项,也即系统对每篇文献的评价。如我们选择的文献评级为2星半(绿色),表明系统认为,该文献纳入和排除的几率接近。点击Rating后,系统会对所有文献按照评级进行排序。用户通过Rating上方的Search功能可根据关键词等搜索相应文献。Search搜索框上方则又有几个选项(访客形式进入显示3个、新建的系统评价显示4个),分别为Display mode(显示模式)、Export(数据导出)、Copy(复制)、All reviews(返回所有系统评价列表)。其中Display mode可用于选择显示的模式,系统默认为列表(List)形式,还可根据个人爱好,选择相似图(Similarity graph)形式呈现所有结果。Export用于导出数据,导出格式主要以.enw及.ris为主。值得注意的是,导出的文件是以压缩文件导出,导出后需先进行解压后再进行其他操作。

图6 Rayyan文献筛选界面

4 与Endnote软件的比较

我们将Rayyan与当前最常用的Endnote软件进行相关比较。Rayyan在功能上与Endnote存在许多类似的地方,但与Endnote仍有一些差别[3]。比如,前者为在线应用程序,而后者为桌面应用程序;前者为免费软件,后者为收费软件等。表1列出了部分Rayyan和Endnote的异同点。

表1 Rayyan与EndNote软件的比较

5 讨论

本文对一款新型在线文献管理软件Rayyan进行了详细介绍,通过实例演示了如何使用Rayyan进行文献筛选,并比较了Rayyan与传统Endnote软件的异同点。Rayyan是一款操作简单,使用便利的文献管理软件。同时,我们发现Rayyan在部分功能上优于Endnote,如Rayyan为免费软件,支持评价者盲法,支持关键词评级功能,这些都是Endnote所不具备的。但不可否认,Endnote很多功能Rayyan是不支持的,如文献检索功能。

从文献筛选功能上,Rayyan相对于传统文献筛选软件有着较大的优势。首先,其在线应用环境,方便于系统评价作者进行国际性质的合作,增加了合作效率;其次,Rayyan的关键词排除、关键词纳入功能,配合使用关键词评级功能,能显著增加文献筛选效率,减少系统评价整体制作时间,降低发表延迟带来的偏倚风险;再次,Rayyan的评价者盲法功能,有效规范文献筛选流程,保证文献筛选质量,同时Rayyan的文献筛选归类方式,对计算一致性(Kappa)十分便利[6]。

但Rayyan存在一些缺陷。最主要的缺陷在于Rayyan依赖于网络连接。仅在网络连接成功的情况下Rayyan才能被使用,若无网络连接,则无法使用,对于Endnote这类桌面应用程序则不存在此种情况;同时,Rayyan的文献筛选效率,取决于网络连接速度。当网络连接速度较慢时,文献筛选速度则相应降低;其次,Rayyan不支持全文查找功能,只能通过手动下载全文后进行上传,而Endnote等经典文献筛选软件支持自动查找并下载全文的功能。

总之,Rayyan是一款较为方便的文献管理软件,能提高文献筛选效率,对于系统评价/Meta分析的制作效率及流程有非常积极的意义。

[1]詹思延. 第一讲:如何报告系统综述和Meta分析——国际报告规范QUOROM和MOOSE解读[J]. 中国循证儿科杂志,2010,5(1):60-3.

[2]焦艳平,Su Hanfling,孙彩霞,等. EndNote个人参考文献图书馆简介与基本使用方法[J]. 现代图书情报技术,2004,20(4):82-4.

[3]张兆伦. 三个参考文献管理软件的比较应用研究——EndNote,Reference Manager与ProCite[J]. 图书情报工作,2007,51(11):121-3.

[4]Ouzzani M,Hammady H,Fedorowicz Z,et al. Rayyan-a web and mobile app for systematic reviews[J]. Syst Rev,2016,5(1):210.

[5]Higgins,Julian PT,and Sally Green, eds. Cochrane handbook for systematic reviews of interventions[M]. John Wiley & Sons,2011.

[6]Liu TZ,Xu C,Rota M,et al. Sleep duration and risk of all-cause mortality: A flexible, non-linear, meta-regression of 40 prospective cohort studies[J]. Sleep Med Rev,2017, 32:28-36.

猜你喜欢

菜单页面文献
刷新生活的页面
Hostile takeovers in China and Japan
答案
让Word同时拥有横向页和纵向页
中国新年菜单
Cultural and Religious Context of the Two Ancient Egyptian Stelae An Opening Paragraph
The Application of the Situational Teaching Method in English Classroom Teaching at Vocational Colleges
The Role and Significant of Professional Ethics in Accounting and Auditing
本月菜单
一个“公海龟”的求偶菜单