刘 刚,宁 宇,夏晓飞,龚明昊,*

1 中国林业科学研究院湿地研究所,北京 100091 2 湿地生态功能与恢复北京市重点实验室,北京 100091 3 北京自然博物馆,北京 100050

食性研究是动物生态学的重要内容之一,是了解动物与环境关系及捕食者与猎物关系的前提,同时也是构建栖息地选择和利用模型、探讨取食对策和营养流动、评估物种生存状况和生态系统功能等热点问题的基础[1- 4]。食性分析方法的准确性和精确性直接关系到食性相关理论的探索,同时也关乎食性结果应用于动物保护的实践。研究者对食性相关问题的研究越来越深入,食性分析方法也在不断改进和更新。传统食性方法,大多基于形态学鉴定、光谱结构差异或同位素原理,解决了很多与食性相关的生态学问题,但由于受到技术和适用范围的限制,这些方法还存在一些不足(表1)。

表1 各种食性分析方法的分析依据、优劣及适用范围的比较

随着高通量测序技术的发展,该技术逐渐扩展到野生动物的食性分析,相关研究也在增多。高通量测序技术由于具有灵敏度高和数据通量大的特点,能在一个测序平台产生上百万条reads,其高效性特别受到研究者的青睐 (表 1)。另外,对于PCR来说,短片段的效率要高于长片段,而食性分析样品(粪便、食团或胃容物等),都存在不同程度的降解,较适宜短片段扩增,这意味着,高通量测序的读长范围非常适合食性分析 (表 1);高通量测序以其高灵敏性,能捕获频次较低……