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猪圆环病毒2型2d基因型毒株的鉴定及全基因组序列分析

2018-06-21王宏燕周晨阳杨本勇顾贵波

现代畜牧兽医 2018年5期

王宏燕,周晨阳,梁 乔,张 健,杨本勇,顾贵波★

(1.辽宁省动物疫病预防控制中心,辽宁 沈阳110164;2.辽宁省动物医学研究院,辽宁 沈阳110164)

猪圆环病毒(porcine circovirus,PCV)是引起断奶仔猪多系统衰竭综合征(porcine respiratory disease complex,PMWS)最主要的病原[1]。PCV基因组为单链环状DNA分子,分为PCV1和PCV2两种血清型,PCV1低致病性或无致病性,基因组全长为1 753 bp,PCV2有致病性,能损伤猪的免疫系统,表现出多种病症,基因组全长为1 766~1 768 bp。目前PCV2基因组主要分为4个亚型(PCV2a~PCV2d)[2],其中PCV2a、PCV2b在世界各地均有发现,PCV2c在丹麦有过记录[3],PCV2d在中国、北美洲和南美洲有过报道[4],PCV2d在中国的有些地区已有成为主要流行病毒株的趋势[5]。本试验通过临床病例获得1株PCV2d全基因组序列,通过比对PCV2的最新流行与变异信息,为有效防控PCV2建立前期基础。

1 材料与方法

1.1 病料采集及处理 病料来自辽宁省某市某猪场疑似PMWS病死仔猪的肺脏组织、淋巴结。将肺脏组织及淋巴结研磨后,用磷酸盐缓冲溶液(PBS)按照1:5(病料:PBS)稀释混成匀浆,将匀浆吸入到EP管中,反复冻融3次,3 000 r/min离心20 min,取上清液于-70℃保存备用。

1.2 引物 根据Genebank公布的国内外PCV2参考毒株序列,合成1对特异性引物,PCV2-F:GTACCTTGTTGGAGAGCGGG,PCV2-R:TCACAGCAGTAGACAGGTCA,引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。

1.3 病料DNA的提取 用基因组DNA快速抽提试剂盒,按说明书上的操作方法提取组织病料DNA。

1.4 全基因组的扩增 以提取的组织病料DNA为模板进行PCR扩增,PCR采用50 μL反应体系:5 μL 10×buffer、3 μL 25 mmol/L MgCl2、1 μL 10 mmol/L dNTPs、20 μmol/L上下游引物各1 μL,用灭菌超纯水补足50 μL。反应条件为:95℃预变性5 min;94℃变性45 s,56℃退火50 s,72℃延伸1 min,35个循环;72℃延伸10 min。用1%琼脂糖凝胶电泳,在紫外灯下观察电泳结果。

1.5 产物回收、鉴定和测序 按照DNA凝胶回收试剂盒说明书,回收、纯化特异的DNA条带。……

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