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基于碳代谢指纹解析重庆彭水烟田土壤可培微生物群落演替研究

2018-06-19王春燕谷立坤安浩东白耀宇王文峰

生物信息学 2018年1期
关键词:实验

王春燕,谷立坤,安浩东,白耀宇,王文峰,丁 伟

(1.重庆能源职业学院,重庆 402260;2. 河南工程学院 资源环境学院,郑州451191; 3 .西南大学 植物保护学院,重庆400715)

微生物种类复杂,较多是不可培养的,土壤微生物的生长繁殖需要物质、能量的输入,其能量来源主要为作物脱落的枝叶,根系残留物及分泌物,他们会随着季节的更替残留在土壤中[1],发生一系列生物物理化学变化,一部分降解成复杂的有机物成为土壤的难降解碳而固定,另一部分有机物会作为土壤微生物的能量来源与碳素来源,重新进入生物圈进行碳循环。

目前关于土壤根系微生物的碳代谢研究主要为解释土壤碳循环的途径及对不同影响因子的响应[1-2]。环境微生物方向主要研究在特定根系分泌物存在下,土壤不同区域微生物量,微生物种类的响应现象与机制(如采用高通量测序法表征微生物种群演替),根系微生物群落内部微生态的调控机理(如微生物群落内部),微生物与植物的生态依存关系等[3]。这些方面的深入研究将加深未来对农业作物各种植物病理、生理现象的理解,虽然目前这些研究信息还有些零散,缺乏系统性,但会逐步缩小对局部微生态预测,判断,调控的误差,使各种微生物生态调控更加精细,准确。

对微生物区系研究所选取的方法,目前有很多,主要分为对DNA遗传物质解析,RNA表达蛋白解析,代谢功能解析(如各种酶的活性)。通过提取总DNA,RNA,高通量测序后检索数据库得到微生物群落的遗传结构,定性与定量蛋白表达[4],成为一种广泛采用的方法。……

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