HE Yongqun ，余 红，杨啸林，邵 晨，周 伟，朱 彦，王海河，刘清平，谢江安，ZHENG Jie , 朱伟民0

(1. 中国医学科学院 基础医学研究所，北京 100005； 2. University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI, 48109 USA ；3. 贵州大学医学院，贵州省人民医院，贵阳550002；4. 国家人口与健康科学数据共享服务平台，北京100700；5. 中国中医科学院 中医药信息研究所，北京100700；6. 哈尔滨医科大学大庆校区，黑龙江, 大庆 163319；7. 广州中医药大学，广州510000；8. 重庆邮电大学，重庆400065；9. University of PennsylvaniaPerelman School of Medicine, PA, 19104 USA ；10. 国家蛋白质科学中心北京凤凰中心，北京102206)

本体是事物本质概念化的详细说明，其核心作用在于用人和计算机都可以理解的术语(Terms)及关系(Relations)描述某一领域内的实体(Entities)以及实体之间的相互关系，从而提供一个对此领域事物本质的统一认识。这一系列概念犹如建造大厦的基石，在其支持下，知识搜索、积累和共享的效率将大大提高，真正意义上的知识重复利用和共享也成为可能。在过去十多年中，本体广泛应用于生物医学数据整合、共享、检索、分析和新知识的挖掘。通过本体中的标准化术语，不同数据集合的元数据可以被注释并进行术语的统一，进而消除异质性，实现数据的整合。本体作为生物医学数据标准化的一种重要手段，在大数据整合与复用的过程中发挥着日益重要的作用。在最近提出的精准医学的理念中，本体更是发挥着不可替代的作用。

1 本体的概念与研发进展

作为一个古老的哲学分支，本体论(Ontology)是用来研究事物的本源和存在(“Onto”)。古希腊米利都哲学学派最早探索组成万物的最基本元素——“本原”(Arche)。米利都学派哲学家巴门尼德(Parmenides)对being(是，存在)的探讨成为本体论的先声。……