曹建波 张如华

摘要：柽柳（Tamarix chinensis Lour.）是耐盐碱的灌木或小乔木，多散生于河漫滩或在沿海滩涂形成大规模群体。对由Illumina测序开发的柽柳微卫星标记反应体系进行了正交试验设计，确定10 μL SSR-PCR反应体系的各反应物浓度为Mg2+ 0.8 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶 0.5 U、引物0.5 μmol/L、模板DNA 20 ng。

关键词：柽柳（Tamarix chinensis Lour.）；基因组微卫星；PCR反应体系；正交试验

中图分类号：S793.5；Q812 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2018）07-0122-03

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2018.07.029

Establishment and Optimization of gSSR-PCR Amplification System for

Tamarix chinensis Lour.

CAO Jian-bo，ZHANG Ru-hua

（College of Life Sciences Linyi University，Linyi 276000，Shandong，China）

Abstract： Tamarix chinensis Lour. is a salt-tolerance shrub or small tree，scattered in the riverbed or forming large natural populations in coastal tidal areas. For population genetics study of this species，the orthogonal design was used to determine the PCR amplification system of genomic SSR derived from Illumina sequencing in T. chinensis. The 10 μL reaction system of gSSR is as follows：0.8 mmol/L Mg2+，0.25 mmol/L dNTPs，0.5 U Taq DNA polymerase，0.5 μmol/L primers，and 20 ng DNA.

Key words： Tamarix chinensis Lour.； genomic microsatellites； PCR reaction system； orthogonal design

檉柳（Tamarix chinensis Lour.）为起源于第三纪的古老植物，耐盐碱和水湿，为多年生灌木或小乔木；主要分布在中国、朝鲜和日本[1]，另美国于19世纪中叶作为装饰植物和防治水土流失植物引种，现已扩散至美国西南和墨西哥北部，被认为是入侵树种[2]。柽柳群体主要生长在河岸、沿海滩涂等水湿条件较好的立地，在中国经常被用作沿海防护林。

微卫星是广泛分布在真核生物基因组上的1～6碱基核苷酸的串联重复，由于重复次数不同造成个体间的序列长度差异，对其差异测算可以得到包括多样性指数在内的群体遗传变异参数估值。由于是共显性标记（可区别纯合体和杂合体），重复次数差别大，多态性高，被广泛地用于个体指纹图谱、亲本分析和群体遗传学研究[3，4]。基于柽柳属植物EST序列开发的SSR标记（EST-SSR）的反应体系的优化已见报道[5]，但专门针对柽柳基因组开发的核基因组SSR（gSSR）的PCR反应体系还没有建立。本研究基于Illumina测序，对检测到的SSR序列进行了引物设计，并对设计的柽柳基因组SSR的反应体系进行了探索和优化，以期为柽柳的群体遗传多相关性、基因流和交配系统等研究提供支持。……