谭玉荣 王丹 高璇 刘进平

（海南省热带生物资源可持续利用重点实验室 海南大学热带农林学院，海口 570228）

非编码RNA（Noncoding RNA，ncRNA）指含有1个少于100个氨基酸开放阅读框（Open reading frame，ORF）的RNA［1］。转录本（主要是非编码）估计覆盖人类基因组的62%-75%［2］，占到具有潜在功能序列的 80%［3］。

一些ncRNA为所有细胞中组成型表达的管家ncRNA（Housekeeping ncRNA），如转运 RNA（Transfer RNA，tRNA）、 核 糖 体 RNA（Ribosomal，rRNA）、小核 RNA（Small nuclear RNA，snRNA）、小核仁RNA（Small nucleolar RNA，snoRNA）等。除管家ncRNA之外的其他ncRNA大体上可分为小ncRNA（Small ncRNA）和长链ncRNA（Long noncoding RNA，lncRNA）。前者的序列长度短于100核苷酸，而后者指大于200个核苷酸长度的ncRNA［1］。小ncRNA包括微RNA（microRNA，miRNA）、内源小干扰RNA（Endogenous small interfering RNA，endosiRNA）和PIWI-相关（或互作）小RNA（PIWI-associated small RNA或 PIWI-interacting RNA，piRNA）等［4-6］。关于lncRNA研究，国外有少量综述发表，主要针对lncRNA机制进行论述［7-11］。本文对植物lncRNA的分类、鉴定和研究、分子作用机制及其功能进行全面综述，并详细论述其在植物中的功能，旨在为给研究者提供参考。

1 lncRNAs的分类

lncRNAs可以按照多种方法进行分类，如按照转录本长度、与已注释编码蛋白质基因相关性、与其他已知功能DNA因子的相关性、基于与编码蛋白质的RNA的相似性、与重复序列相关性、与生化途径或稳定性相关性、基于序列或结构的保守性、基于在不同生物学状态的表达、基于与亚细胞结构的相关性、基于功能等分为多种类型［12］。Ulitsky［13］从进化保守性角度将lncRNAs分为3类：第一类为保守lncRNAs（其外显子-内含子结构和多个序列在物种间是保守）；第二类lncRNAs则在转录行为和某些RNA成分（倾向于RNA的5′端）是保守的，但绝大多数位点在外显子-内含子结构和长度经历急剧变化；第三类lncRNAs则在启动子序列和特定区域的转录行为保守外，其他区域没有可识别的序列相似性和基因结构的保守性。……