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万载龙牙百合主要病毒的检测及其检测技术的建立

2018-03-02谢晚彬丁永电

江西农业学报 2018年2期
关键词:泳道病毒检测鳞茎

谢晚彬,丁永电

龙牙百合(Lilium brownii var.viridulum)是久负盛名的万载地方特产,万载以龙牙百合种植为主,江西万载、永丰和湖南隆回并称为全国三大龙牙百合产地。龙牙百合富含淀粉、脂肪、蛋白质、维生素等营养成分,以及秋水仙碱、秋水仙胺等具有抑制细胞分裂的药物成分,因而龙牙百合具有很高的营养价值,同时其在癌症的防控上展现出良好的药用价值[1]。百合一般通过种球、株芽等无性方式进行繁殖,在繁殖过程中,一旦发生病毒感染,病毒便会在植株体内生长,进而在植株之间传播,造成百合产量降低,品质下降。侵染百合的主要病毒有黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)、百合斑驳病毒(Lily mottle virus,LMoV)和百合无症病毒(Lily symptomless virus,LSV),这 3种病毒发生最普遍,危害最严重[2-4]。在百合生产种植过程中,脱毒苗的应用是防控病毒病的根本措施,而可靠的病毒检测技术是确保脱毒苗真正无毒的保证。因此,建立一种针对万载龙牙百合主要病毒的检测技术,确保脱毒苗真正无毒,对其病毒病的防控具有重要意义。

目前百合病毒的检测方法主要有电镜检测法、指示植物法、酶联免疫法和反转录聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction, RTPCR)法等[5-7]。RT-PCR 法以百合病毒的 RNA 为模板,通过反转录和聚合酶链式反应对RNA进行扩增,根据扩增产物的有无即可检测出病毒的有无,因此与电镜检测法、指示植物法、酶联免疫法相比,RT-PCR法具有快速、灵敏、特异性强、操作简单等优点。目前,关于采用RT-PCR法检测万载龙牙百合主要病毒的研究尚未见报道。因此,我们以万载龙牙百合为试验材料,研究了检测其主要病毒的RT-PCR技术,以期为百合病毒病的防控、脱毒苗的无毒化生产提供技术支持。

1 材料与方法

1.1 供试百合

供试百合为龙牙百合,采用五点取样法从万载县白水乡发病田块取样得到。

1.2 主要试剂

总RNA提取试剂盒(TaKaRa MiniBEST Plant RNA Extraction Kit, Code No.9769)、RT-PCR 试剂盒(TaKaRa PrimeScriptTMOne Step RT-PCR Kit Ver.2,Code No.RR055A)、DNA Marker(2000)均购自日本Takara公司。

引物 CMVF/CMVR、LMoVF/LMoVR、LSVF/LSVR、18SF/18SR由上海生工生物工程有限公司合成,它们的序列参见表1。

表1 试验所用引物

1.3 主要仪器

5804R高速冷冻离心机(德国Eppendorf公司)、PEARL微量核酸蛋白分析仪(德国Implen公司)、TP600 PCR仪(日本Takara公司)、DYY-8C电泳仪(北京市六一仪器厂)、TANON-2500电泳凝胶成像系统(上海天能科技有限公司)。

1.4 龙牙百合鳞茎组织的裂解

龙牙百合鳞茎组织的裂解操作步骤如下:(1)将适量新鲜的龙牙百合鳞茎组织置于液氮预冷的研钵中,用研磨杵研磨鳞茎组织,在研磨过程中不断加入液氮,直至将鳞茎组织彻底研磨成粉末状;(2)将50 mg龙牙百合鳞茎组织粉末状样品置于1.5 mL灭菌离心管中,加入450μL Buffer PE,用移液器吹打混匀,使样品充分裂解,直至无明显沉淀,然后将裂解液在 4 ℃下以 12000 r/min离心5 min;(3)将上清液置于1个新的1.5 mL灭菌离心管中,加入45μL Buffer NB,混匀,4 ℃、12000 r/min 离心 5 min;(4)再将上清液置于1个新的1.5 mL灭菌离心管中,加入450μL Buffer RL,混匀,混合液用于总RNA的提取。

1.5 龙牙百合总RNA的提取

龙牙百合总RNA的提取操作步骤如下:(1)往上述混合液中加入250μL无水乙醇,混匀后立即置于 RNA Spin Column中(分 2 次),以 12000 r/min离心1 min,弃滤液;(2)往 RNA Spin Column中加入500 μL Buffer RWA,以 12000 r/min 离心 30 s,弃滤液;(3)往 RNA Spin Column中加入 600 μL Buffer RWB,以 12000 r/min 离心 30 s,弃滤液。 用 Buffer RWB洗涤2次;(4)将 RNA Spin Column以 12000 r/min离心2 min,除去残留液体;(5)将RNA Spin Column置于1.5 mL RNase Free的收集管中,然后在RNA Spin Column膜中央处加入50μL RNase Free dH2O,室温静置5 min 后,以12000 r/min 离心2 min,收集管中收集的滤液即为总RNA提取液。

用PEARL微量核酸蛋白分析仪对总RNA提取液进行浓度和纯度检测,检测其是否符合进行RTPCR的质量要求。

1.6 主要病毒的检测及检测技术的建立

通过RT-PCR法进行龙牙百合主要病毒的检测。 采用引物 CMVF/CMVR、LMoVF/LMoVR、LSVF/LSVR、18SF/18SR从总 RNA提取液中分别扩增CMV、LMoV、LSV等主要病毒和18S rRNA分子。根据RT-PCR试剂盒操作说明,设定RT-PCR反应体系为:2×RT-PCR Buffer 5 μL、RNase-free dH2O 3 μL、总 RNA 提取液1 μL、Forward Prime(10 μmol/L)0.4 μL、Reverse Prime (10 μmol/L) 0.4 μL、RT-PCR polymerase 0.2μL。根据引物的Tm值,并参考相关文献报道[8],设定RT-PCR 的反应条件为:50℃逆转录30 min;94℃预变性 5 min;94℃变性 30 s,60℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环;72℃最后延伸7 min。取出RT-PCR产物,进行1.2%琼脂糖凝胶电泳。

若电泳结果显示扩增出病毒的特异片段,则表明万载龙牙百合感染了该病毒,同时根据相应的RTPCR反应条件,可以建立该病毒的RT-PCR检测技术。若电泳结果显示没有扩增出病毒的特异片段,则将退火温度逐渐降低,先后设定为55℃、50℃,重复上述RT-PCR检测过程。

2 结果与分析

2.1 龙牙百合总RNA的提取

采用总RNA提取试剂盒从龙牙百合鳞茎组织提取总RNA,用PEARL微量核酸蛋白分析仪检测总RNA提取液的浓度和纯度,检测结果显示:总RNA提取液的浓度为 74.449 ng/μL,符合进行 RT-PCR的要求;总 RNA提取液的 A260值为1.861,A280值为0.918,A260/A280值为 2.027,接近 2.0,表明纯度高,也符合进行RT-PCR的要求。

2.2 主要病毒的检测及检测技术的建立

采用引物 CMVF/CMVR、LMoVF/LMoVR、LSVF/LSVR、18SF/18SR从总 RNA提取液中分别扩增CMV、LMoV、LSV等主要病毒和18SrRNA分子(RTPCR的退火温度设定为60℃),对RT-PCR产物进行1.2%琼脂糖凝胶电泳分析,结果图1第2泳道显示从总RNA提取液中扩增出LMoV病毒的特异片段(623 bp);图1第1泳道和第3泳道分别显示从总RNA提取液中没有扩增出CMV和LSV病毒的特异片段。LMoV病毒的RT-PCR检测技术(条件)为:50℃逆转录30 min;94℃预变性5 min;94℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环;72℃最后延伸7 min。

将退火温度降低为55℃,第2次扩增CMV和LSV病毒,并对RT-PCR产物进行1.2%琼脂糖凝胶电泳分析,结果图2第1泳道和第2泳道分别表明:从总RNA提取液中也没有扩增出CMV病毒的特异片段(255 bp)和LSV病毒的特异片段(439 bp)。

将退火温度降低为50℃,第3次扩增CMV和LSV病毒,并对RT-PCR产物进行1.2%琼脂糖凝胶电泳分析,图3第1泳道和第2泳道分别显示:从总RNA提取液中还是没有扩增出CMV病毒的特异片段(255 bp)和LSV病毒的特异片段(439 bp)。

图1 龙牙百合主要病毒的RT-PCR检测

图2 龙牙百合CMV和LSV病毒的RT-PCR检测

3 讨论与结论

我们在龙牙百合CMV、LMoV、LSV等主要病毒的RT-PCR检测过程中,根据引物的Tm值,并参考相关文献报道[8],将 RT-PCR的退火温度设定为 60℃,顺利扩增出LMoV病毒的特异片段(623 bp)(图1第2泳道),但未能扩增出CMV病毒的特异片段(图1第1泳道)和LSV病毒的特异片段(图1第3泳道)。为此我们将CMV和LSV病毒检测的退火温度下调至55℃,均只在1000~2000 bp之间扩增出1条DNA片段(图2),与CMV病毒的特异片段(255 bp)和LSV病毒的特异片段(439 bp)长度不符。当将CMV和LSV病毒检测的退火温度进一步下调至50℃,也均只在1000~2000 bp之间扩增出1条DNA片段(图3)。

图3 龙牙百合CMV和LSV病毒的RT-PCR检测

在采用RT-PCR检测百合病毒的文献报道中,大多数通过RT-PCR产物中有无病毒的特异片段来判断被检测的百合是否感染该病毒[9-10],这可能会因RT-PCR试剂失效和操作失误而造成假阴性的情况。为此我们引入18SrRNA作为内参照,当RT-PCR的退火温度设定为60℃时,顺利扩增出18SrRNA的特异片段(200 bp)(图1第4泳道),但是没有扩增出CMV和LSV的特异片段,从而排除了因RT-PCR试剂失效和操作失误而造成假阴性的情况。

根据以上试验结果,可以得出:万载龙牙百合感染了LMoV病毒,而没有感染CMV病毒和LSV病毒。同时可以确定LMoV病毒的RT-PCR检测技术为:50℃逆转录30 min;94℃预变性5 min;94℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环;72℃最后延伸7 min。另外,本研究建立的RT-PCR检测技术可以用于万载龙牙百合主要病毒的检测,对万载龙牙百合脱毒苗的无毒化生产和病毒病的防控具有重要意义。

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