世界主栽茶树分属两个变种，即中国种和阿萨姆种。中国种叶小，分布广泛，适合制作绿茶等六大类茶；阿萨姆种叶大，主要分布在热带和冬季温暖的亚热带地区，适合制作红茶和普洱茶。安徽农业大学宛晓春教授研究团队，联合深圳华大基因和中国科学院国家基因研究中心等相关研究团队，以国家级茶树品种舒茶早（中国种）为材料，用二代和三代测序技术对其进行测序，采取杂合组装策略，获得覆盖基因组93%区域的高质量序列草图，注释出33 932个高可信度的茶树基因。研究发现，茶树祖先种大约在8 000万年前与亲缘关系最近的猕猴桃（现属山茶亚目）发生分化，继而在38万至154万年前，又分化形成中国种和阿萨姆种。

宛晓春教授研究团队发现了一个参与茶氨酸合成的关键酶基因（CsTSI），并通过转录组学和转基因分析，证明CsTSI具有合成茶氨酸的酶活性。比较基因组分析发现，萜烯类等物质的合成酶基因拷贝数在茶树基因组中也发生显著扩增，有助于解释茶叶独特的香气即风味物质形成之谜。相关成果不久前已在线发表于《美国科学院院刊》。