玉米扩展蛋白Expansin基因家族定位及基因表达模式分析
2018-02-01姜志磊武奉慈宋新元
姜志磊, 周 琳, 武奉慈, 宋新元
吉林省农业科学院农业生物技术研究所, 吉林省农业生物技术重点实验室, 长春 130033
扩展蛋白(Expansin)是一类能够使植物细胞壁松弛的、非酶类的细胞壁活性蛋白，广泛存在于植物界，参与了植物生长发育过程中的许多环节，如根、茎、叶、花、果实、种子的生长发育等，同时还参与了抗旱、抗病、耐高温等诸多抗逆反应[1～3]。1992年，McQueen-Mason等[4]从黄瓜中纯化出2个能诱导热失活的细胞壁恢复扩张活性的特异性蛋白——扩展蛋白。随后，Shcherban等[5]发现禾本科花粉过敏原蛋白与Expansin具有蛋白质序列的同源性，Cosgrove等[6]经试验证实花粉过敏原蛋白具有使细胞壁松驰的活性。至今，研究人员已发现多种植物扩展蛋白[7～8]。扩展蛋白中与首次从黄瓜中发现的2个Expansin同源关系较为相近的蛋白称为 EXPA (Expansin A)，与禾本科花粉过敏原蛋白同源关系较为相近的称为EXPB(Expansin B)，另两个家族EXLA(Expansin-like A) 和EXLB(Expansin-like B)是在进行植物基因组分析时发现的，对其他非植物基因组分析时发现的Expansin称为EXLX(Expansin-like X)，它们都同时具有Pollen_allerg_1(NCBI登陆号pfam01357)和DPBB_1(NCBI登陆号pfam03330)2个特征结构域[9]。
伴随着各种基因组测序计划的展开、分子结构测定技术的突破和互联网的普及，生物学数据库迅速地出现和成长，而有效地从这些数据库获取潜在的信息成为生物工作者亟待掌握的技能。本文利用PLAZA、NCBI、MaizeGDB、Uniprot、PLEXdb等基因组数据库对玉米扩展蛋白Expansin进行了生物信息学分析，以期为玉米扩展蛋白的深入研究奠定基础，为基因信息的获取方法相关研究提供参考。
