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环状RNA在胶质瘤中的研究进展

2018-01-16张恒柱大连医科大学辽宁大连6044江苏省苏北人民医院神经外科江苏扬州500

转化医学电子杂志 2018年7期
关键词:内含子环状细胞株

朱 磊,董 伦,张恒柱 (大连医科大学,辽宁 大连 6044;江苏省苏北人民医院神经外科,江苏 扬州 500)

0 引言

胶质瘤约占原发性中枢神经系统肿瘤的40%~60%[1],是中枢神经系统最常见的肿瘤,世界卫生组织(WHO)根据肿瘤的细胞和组织学特点,将其分为Ⅰ~Ⅳ级。胶质瘤可发生于中枢神经系统的任何部位和任何年龄,平均存活期仅为14个月[1],其中胶质母细胞瘤恶性程度最高,预后最差,95%未经治疗的患者生存期不超过3个月。胶质瘤的发生发展涉及细胞周期与信号传导通路、基因表达等多方面内容的改变。因此,研究胶质瘤,尤其是胶质母细胞瘤的相关分子机制,探索新的、安全有效的诊疗方法具有重要意义。

环状RNA(circRNA)是近年来发现的一种特殊类型的RNA,是指3′端与5′端共价结合形成的闭合单链环状RNA,由Sanger等[2]于1976年在类病毒研究中发现,并首次提出此概念。由于早期普遍认为circRNA是基因表达中的副产物,因此关于环状RNA的研究也停滞不前。近年来,随着分子生物学及分子测序技术的迅猛发展,环状RNA的潜在特性和功能逐渐被发现。有研究[3]指出,环状RNA在神经系统中含量丰富,呈现动态表达的特点,而且可能参与了胶质瘤的增殖、转移等多个生物学过程[4],有望成为胶质瘤的新型诊断标志物,并为治疗提供新的思路和方向。本文主要介绍环状RNA的形成、特点及功能,并讨论在胶质瘤中的作用。

1 环状RNA的产生、特点和功能

1.1 环状RNA的产生环状RNA的具体产生机制尚未明确,根据前体序列的来源可分为外显子形成的环状 RNA[4]、内含子形成的环状 RNA[5]、外显子和内含子共同组成的环状 RNA[6]及 tRNA前体形成的环状RNA[7]。 ①外显子来源的环状 RNA(exo circRNA),其形成主要有直接反式剪接(或称内含子配对驱动环化)和外显子跳读(套锁驱动环化)两种机制,过程复杂,需ALU重复序列等多种因子参与。前者是一个外显子的3′端剪接供体与上游的5′端剪接受体结合,切除内含子,然后形成环状 RNA[4];后者是内含子之间配对形成环状套锁,再剪切其中的内含子,最后形成环状RNA[8]。②内含子来源的环状RNA(ciRNA),形成依赖于外源性鸟苷(exoG)、5′端剪接区域7 nt长的富含GU的序列及靠近分支部位的11 nt的富含C的序列,此类环状RNA较为少见,但具有转录调节的作用[5]。③外显子和内含子共同组成的环状RNA(EIciRNAs),通过直接反向剪接形成,内含子不被剪切,保留其中。这类EIciRNAs只存在于细胞核中,能够促进亲本基因的转录[6]。④tRNA前体形成的环状 RNA(tricRNA),如tric31905,其形成需要保守的tRNA及加工酶的参与,但具体的机制及功能尚未明确[7]。

1.2 环状RNA的特点①分布广泛,含量丰富。据报道,环状RNA广泛分布在原核和真核细胞中,从病毒、果蝇到人类细胞都有环状RNA的存在[3];10%以上人类基因可以转录生成环状 RNA[9],You 等[10]指出,脑组织中约20%的编码蛋白的基因可以产生环状RNA。②结构稳定,半衰期长。环状RNA无5′帽结构和3′-PolyA尾结构,对RNA核酸外切酶和脱支酶有一定抵抗性[11],大多数环状 RNA半衰期超过48 h[12],比线性 RNA 半衰期(约 10 h)长[13],然而环状RNA核酸内切酶可使内含子来源的环状RNA水解,其半衰期(小于 15 s)较短[14]。 ③高度保守,表达特异。共价闭合环状结构使环状RNA稳定性好,导致保守性高,而且序列长度在进化中也高度保守[3];You等[10]指出环状RNA首尾相接处的外显子更具有高度的保守性。环状RNA的表达具有时间和空间特异性,Rybak-Wolf等[3]在实验中证实,相对其他组织,环状 RNA(如 circRims2、circTulp4、circPhf21a等)不仅在人和鼠等哺乳类动物脑组织中表达丰富,甚至在果蝇中也是这样。另外,环状RNA表达具有组织特性,其中嗅球、前额叶皮质、海马、小脑等高表达特定种类的环状RNA;在神经元的不同部位,环状RNA的含量也不相同,突触中的丰富度最高,这可能与皮质中突触密度高、ALU重复序列多等有关。环状RNA表达也具有分化发育阶段的特异性,其增多通常伴随着宿主转录的上调,当然也有例外,比如环状RNAZfp609(circZfp609)在神经元分化过程中持续定量表达,这提示环状RNA在脑组织分化发育中可能具有重要作用。除此之外,环状RNA在肺、胰腺、膀胱、胃、直肠等组织中均有表达,而且可以随着组织器官的发育而表达,如心脏中的NCXI就随着发育的不同阶段被诱导表达[15]。

1.3 环状RNA的功能(1)海绵作用。①miRNA的海绵作用[16]。miRNA是一类长度约21 nt,与mRNA靶向结合的 RNA[17]。环状 RNA具有与 miRNA结合位点,起到抑制其对应miRNA的降解作用。如小脑退化相关蛋白1反义转录物(CDR1as/ciRS-7)在小脑中表达丰富,具有miR-7的应答元件,通过海绵作用减弱miR-7的生物学功能[18]。在星形细胞瘤中miR-7表达下调,使得胶质瘤迅速生长,但并非miR-7越高对肿瘤抑制性越强,有报道称肺癌的不良预后就与miR-7的高表达有关[19]。②蛋白质的海绵作用。这种环状RNA被称为蛋白质海绵,如CDR1as/ciRS-7可与 AGO蛋白(Argonaute)结合,从而使自身被降解[20]。(2)转录调节。 如前所述,环状 RNA具有转录调节作用。ciRNA中如锚蛋白重复域 52(ciankrd52)可与RNA聚合酶Ⅱ复合体相互作用,参与转录调节[21]。(3)翻译作用。众所周知,大多数环状RNA属于非编码RNA,但仍有例外。如丁型肝炎病毒(HDV)的核心是一单股负链的circRNA,其可以转录翻译成丁型肝炎核心抗原。(4)其他作用。Talhouarne等[22]发现ciRNA在细胞分裂过程中可遗传给子代细胞,提示具有遗传上的作用。由于稳定性好,环状RNA可能存在其他生物学功能,比如作为组装核糖体蛋白(RNP)颗粒的平台,转运其他蛋白质或其他RNAs的良好介质,这也为新型肿瘤药物的研发提供了新视角。

2 环状RNA与肿瘤

近年来,环状RNA在肿瘤方面的研究已经取得了一定的成果。如Huang等[23]对结肠癌的分析表明,cir-ITCH在结肠癌中表达明显下降,通过海绵作用与亲本的 ITCH基因竞争 miR-7和 miR-20,抑制Wnt/β-catenin 信号 传 导通路;Li等[24]发现 circRNA002059在胃癌中表达下降,与胃癌的恶性程度、转移等相关;Huang等[25]发现circRNA MYLK可以竞争性结合 miRNA-29a-3p,导致膀胱癌的发生;Xuan等[26]研究指出,has-circ-100855在喉癌上调明显,而has-circ-104912在喉癌中却下调明显等,诸多研究均提示环状RNA在肿瘤发生发展中扮演着重要角色。

3 环状RNA与胶质瘤

3.1 环状RNA与胶质瘤的研究逐步兴起Song等[27]研发了一种UROBORUS新型检测工具,他们利用46个胶质瘤(包括少突胶质细胞瘤和GBM)和正常脑组织样本作研究,发现所有样本中高表达的环状RNA的外显子数量没有显著的差异,大约10%的环状RNA只含有一个外显子;而且大多数环状RNA反向剪接点的基因长度在50 kb内,只有少数在100~300 kb之间。此外,研究还发现RIMS基因在正常脑组织会产生5种环状RNA异构体,而在胶质瘤中只有2种,这提示胶质瘤会减少RIMS基因形成环状RNA异构体的数量。然而,并非所有基因都是如此,VCAN在正常脑组织和胶质瘤组织中形成环状RNA异构体数量没有差别,但circ_VCAN的表达在胶质瘤中却比正常脑组织高,而且有实验[27-28]证实VCAN基因是形成胶质瘤的责任基因。GBM中表达的circ_COL1A2、circ_PTN、circ_VCAN、circ_SMO、circ_PLOD2、circ_GLIS3、circ_EPHB4、circ_CLIP2 较正常脑组织高,提示此8种环状RNA有可能成为GBM的肿瘤标志物。

3.2 多形性胶质母细胞瘤 (glioblastoma multiforme, GBM)GBM 涉及 miR-671-5p/CDR1-AS/CDR1/VSNL1轴的表达失调[29]。 小脑退化相关蛋白1 反义转录物(CDR1-AS)是 2011 年由 Hasen 等[30]发现的一类环状RNA,具有miR-671-5p的结合靶点,在GBM细胞中表达下调。Barbagallo等[29]研究了45位GBM患者的活检组织和5个 GBM(分别是A172,CAS-1、DBTRG、SNB-19、U-87)细胞株,发现 miR-671-5p在GBM活检组织和细胞株中均过度表达,其中miR-671-5p在A172、CAS-1、DBTRG细胞株中的表达超过其他肿瘤细胞株(A375,HCT116)的两倍。且发现 CDR1-AS、CDR1、视锥蛋白样因子 1(VSNL1)作为miR-671-5p的下游分子,在GBM细胞中表达减少,与miR-671-5p表达呈负相关,其中 CDR1-AS表达下调了 3.51 倍,CDR1 下调了 2.84 倍,VASNL1 下调了 2.1倍,而且发现miR-671-5p能促进GBM细胞的转移和增殖。转染miR-671-5p的类似物24 h后,发现DBTRG、SNB-19、U-87细胞株中GBM细胞的转移能力分别增加了15%、32%、15%。DBTRG细胞株转染miR-671-5p类似物24 h后生存能力增加了16%,而使用抑制物72 h后则使其生存能力下降了12%;同样,SNB-19细胞株转染类似物48 h后,其生存力增加了9%,转染抑制物72 h后,下降了7%;U-87细胞株转染miR-671-5p类似物后,生存能力增加了5%,而转染抑制剂48 h后,生存能力会下降19%;故此推测GBM 涉及 miR-671-5p/CDR1-AS/CDR1/VASNL1 轴的表达失调。

3.3 胶质瘤涉及 circ-TTBK2/miR-217/HNF1β/Derlin-1轴的表达失调TTBK2环状RNA(circ-TTBK2,根据环状 RNA数据库也称 circ-0000594),由TTBK2基因的外显子 3、4、5、6产生,不含内含子,定位于胞浆中,Zheng等[29]发现与正常脑组织相比,circ-TTBK2在胶质瘤中明显表达上调,能抑制肿瘤细胞的凋亡,而且和胶质瘤的病理分级呈正相关。此外,利用正常星形胶质细胞作对比,发现miR-217在胶质瘤U87和U251细胞株表达下调,而且使miR-217恢复正常表达能起到抑制胶质瘤细胞增殖的作用,因此推测miR-217在胶质瘤中发挥了肿瘤抑制作用。进一步指出circ-TTBK2以RNA诱导的沉默复合体(RISC)的方式减少miR-217在胶质瘤细胞的表达。肝细胞核因子1β(HNF1β)定位在胞核,它不仅是肝脏特殊转录因子,而且在胶质瘤细胞中表达上调。在细胞株中加入 circ-TTBK2抑制子和/或使miR-217过表达,HNF1β表达量均明显减少,为了更深入了解 miR-217与 HNF1β的关系,将 HNF1β的3′-UTR 和非HNF1β 3′-UTR 作比较,结果是胶质瘤细胞在 miR-217+HNF1β 3′-UTR 组比 miR-217+HNF1β的迁移性和侵袭性要高,这表明miR-217是通过和HNF1β 3′-UTR相互作用调节信号传导通路的。HNF1β作为Derlin-1的启动子促进Derlin-1的表达,而Derlin-1则是通过激活PI3K/AKT/ERK发挥致癌因子的作用,促进胶质瘤细胞的增殖、迁移、侵袭,抑制细胞的凋亡。和circ-TTBK2相似,HNF1β也与胶质瘤的病理分级呈正相关。

3.4 沉默 cZNF292 能通过 Wnt/β-catenin 信号传导通路抑制胶质瘤血管生成和细胞增殖cZNF292是一种致癌性的环状RNA,通过作用于Wnt/β-catenin通路即 Axin/β-catenin/APC/STAT3/5 通路在肿瘤的血管生成和细胞增殖方面扮演了重要角色。Yang等[30]在体外U87MG和U251胶质瘤细胞株中,沉默cZNF292的表达,发现血管内皮生长因子A(VEGF-A)及其受体 1/2(VEGFR-1/2)、磷酸化的血管内皮生长因子受体(p-VEGFR-1/2)、内皮生长因子(EGF)、内皮生长因子受体(EGFR)及转化生长因子β1(TGF-β1)表达水平均下降,这提示沉默cZNF292的表达可抑制胶质瘤的血管生成。另外,胶质瘤细胞周期会停留在S/G2/M期,这是由调控细胞周期增殖的Wnt/β-catenin信号传导通路,包括轴蛋白(Axin)、β-链蛋白(β-catenin)、磷酸化转录激活因子 3(p-STAT3)、磷酸化转录激活因子5(p-STAT5)及其下游效应分子如周期蛋白 A(cyclinA)、细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK2)、多脯氨酸蛋白 11(PRR11)等表达失调所致,当然其中还涉及其他分子如 E2F1、NF-κB、Sp1、HIF-1、AP-1等的转录下调。而CyclinA的作用就是激活CDK2推动细胞增殖周期从S期进入G2期。然而更深层次的调控机制有待进一步研究。

3.5 circBRAF可以用来预测GBM患者的无进展生存期和总生存期circBRAF定位在7号染色体,由BRAF基因的外显子产生,BRAF基因可能与多种信号调节通路有关,包括Erb信号通路、MAPK信号通路、神经营养因子信号通路、mTOR信号通路。Zhu等[31]在研究中指出,相对正常脑组织,circBRAF的表达在胶质瘤患者低,而且高级别的GBM(WHO分级Ⅲ~Ⅳ)表达比低级别的GBM(WHO分级Ⅰ~Ⅱ级)低,提示circBRAF表达量高的GBM患者无进展生存期和总生存期较好。具体的机制尚不清楚,可能是因为下调表达环状RNA参与了神经营养因子信号通路。另外,Zhu等[31]在研究中发现了1411种差异表的达环状RNA,GO分析表明,下调的环状RNA与蛋白结合及修饰、转运活动、细胞器组织等有关,上调的环状RNA与受精、G0到G1期的转变、锰离子转运、精子获能、钙池操纵的钙离子通道活动、肌动蛋白依赖性ATP酶有关。

4 问题与展望

迄今为止,人们对circRNA认识大多数属于起步阶段,尤其是在胶质瘤领域,虽有研究表明胶质瘤涉及相关circRNA的改变,但深层次的机制仍不清楚,甚至部分环状RNA是否真正与胶质瘤有关仍需进一步研究,而且实验研究面临着仪器设备昂贵、技术要求高、分析普窄等问题。将circRNA应用于临床疾病诊治还有很长的路要走,但毫无疑问,对circRNA的研究可能为神经系统胶质瘤的诊治提供新的方向和思路,打开更为广阔的空间。

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