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基于本草基因组学应用流式量测序技术检测人参基因组大小*

2018-01-05张小燕刘志香廖保生肖水明

世界科学技术-中医药现代化 2017年10期
关键词:大豆水稻检测

张小燕,刘志香,廖保生,肖水明,徐 江**,盛 玮

(1.淮北师范大学生命科学学院 淮北 235000;2.中国中医科学院中药研究所 北京 100700)

本草基因组学(herbgenomics)是利用组学技术研究中药基原物种的遗传信息及其调控网络,阐明中药防治人类疾病分子机制的学科,从基因组水平研究中药及其对人体作用的前沿科学[1,2]。人参作为我国传统名贵药材,享有“百草之王”美誉。人参具有48条染色体(2n=4x=48)[3],由于基因组数据的缺乏严重制约了人参基础研究和产业的开展。评价人参基因组的大小及复杂程度,将有助于确定适合人参全基因组测序的研究策略。目前多种方法可用于测定基因组大小,如物理图谱法[4]、流式细胞术[5-7]和高通量测序技术[8,9]。流式细胞术是基因组预估常用的方法[10],可检测单细胞倍性以及细胞核DNA含量[11,12],具有特异性好,灵敏度高,同时进行多参数检测等优点。新一代测序技术的迅速发展使其成为测定基因组大小的重要方法,具有通量高、速度快、单次运行能产生大量数据等优点。

本研究联合流式细胞术和高通量测序技术对人参基因组进行测定和评估,并把这两种技术的测定结果进行相互验证,旨在为人参全基因组测序方案的制定提供依据,为人参本草基因组学[1,2]的研究奠定基础。

1 实验材料

人参(Panax ginsengC.A.Mey)(实验基地栽培株系IR826);大豆(Glycine max(L.)Merrill);粳稻(Oryza sativassp.Nipponbare)。

Accuri C6型流式细胞仪(美国BD公司),1-14K低温冷冻离心机(美国Sigma公司);RXZ型智能人工气候箱(宁波江南仪器厂);DK-8D型电热恒温水槽(上海森信实验仪器有限公司);……

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