腹泻仔猪中猪圆环病毒2型的检测及生物信息学分析
2017-11-21许思遥徐志文
平 措 , 许思遥 ,徐志文 ,朱 玲
(1.四川农业大学动物医学院,四川 成都 611130;2.西藏林芝市巴宜区农牧局兽防站, 西藏 林芝 860100)
腹泻仔猪中猪圆环病毒2型的检测及生物信息学分析
平 措1,2, 许思遥1,徐志文1,朱 玲1
(1.四川农业大学动物医学院,四川 成都 611130;2.西藏林芝市巴宜区农牧局兽防站, 西藏 林芝 860100)
为研究仔猪腹泻中猪圆环病毒2型(PCV2)的生物信息,参考GenBank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计并合成一对特异性引物,从四川地区猪场送检的腹泻仔猪病料中扩增PCV2全长基因序列,回收PCR产物。将其插入PMD19-T载体,构建了重组质粒,转化后筛选、提取阳性重组质粒进行测序。将测序结果及推导的氨基酸序列与国内外的不同分离株进行生物信息学分析。结果表明,分离株基因组全长为1 767 bp,分离的三株基因组与GenBank上已发表的PCV2分离株之间的核苷酸同源性分别为1#94.7%~89.6%、2#94.7%~89.3%、3#96.4%~86.8%,氨基酸序列同源性为1#97.9%~95.7%、2#97.1%~95.5%、3#98.4%~94.8%,说明四川地区腹泻仔猪病料中PCV2的变异相对保守。
猪圆环病毒2型;PCR检测;生物信息学分析
圆环猪病毒(porcine circovirus,PCV)在1974年首次由德国学者Tischer在PK-15细胞培养污染物中分离得到[1],在分类学上属圆环病毒科圆环病毒属,它是一种无囊膜的单股负链环状DNA病毒,为已知的最小的动物病毒之一。病毒粒子直径14~17 nm,呈20面体对称结构,无囊膜,含有共价闭合的单股环状负链DNA,基因组大小约为1.76 kb。PCV对外界理化因子的抵抗力相当强,即便在pH3的酸性环境及72 ℃的高温环境中也能存活一段时间,氯仿作用不失活,无血凝活性[2,3]。致病性和核酸序列的不同,分为1型(PCV1)和2型(PCV2)[4],近期有报道发现3型(PCV3)[5]。……
