应用克隆文库构建法研究枇杷根系AMF多样性
2017-11-09尹利方夏体渊朱维贤陈泽斌颜家亮赵晓红
尹利方,任 禛,2,3*,夏体渊**,朱维贤,陈泽斌,2,靳 松,颜家亮,赵晓红
(1.昆明学院农学院,云南 昆明 650214;2.云南省都市特色农业工程技术研究中心,云南 昆明 650214;3.云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室,云南 昆明 650214;4.昆明市农业科学研究院,云南 昆明 650034)
应用克隆文库构建法研究枇杷根系AMF多样性
尹利方1,任 禛1,2,3*,夏体渊1**,朱维贤4,陈泽斌1,2,靳 松1,颜家亮1,赵晓红1
(1.昆明学院农学院,云南 昆明 650214;2.云南省都市特色农业工程技术研究中心,云南 昆明 650214;3.云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室,云南 昆明 650214;4.昆明市农业科学研究院,云南 昆明 650034)
【目的】为进一步探寻和利用宝贵的AMF资源提供有效的研究方法。【方法】在昆明学院随机采集枇杷根系作为实验样品,采用CTAB法提取根系 DNA,进行18S rDNA PCR扩增,产物连接转入大肠杆菌JM109受体,建立18S rRNA部分基因克隆文库。从文库中随机选取35个白色克隆子,经鉴定,获得30个阳性克隆子,将阳性克隆子测序。运用Mothur等软件分析阳性克隆子序列,确定9条差异序列,为不同的AMF序列。【结果】克隆文库的Coverage C值为93.3 %,克隆文库的Shannon-Wiener指数为2.079,Simpson指数为0.87,且Rarefaction曲线比较饱和。9个序列分为了两个不同的类群,代表不同AMF种类;球囊霉属(Glomus)是枇杷根系的主要AMF类群,OUT1和OTU2代表了文库中的主要类型,其中OTU1为根内根生囊霉(Rhizophagusirregularis);OTU3、OTU4、OTU5和OTU6代表着文库中的常见类型;其余序列则为枇杷根系中的少见或稀有AMF类型。【结论】球囊霉属(Glomus)是枇杷根系的主要AMF类型,其中根内根生囊霉(Rhizophagusirregularis)为优势AMF种类。
枇杷;AMF;克隆文库;18S rRNA基因;系统发育分析
丛枝……
