肖玉雄，王彩虹，田义轲，杨绍兰，李鼎立，张海月



利用2b-RAD测序结合HRM分析技术开发与梨矮生性状相关的DNA分子标记

肖玉雄，王彩虹，田义轲，杨绍兰，李鼎立，张海月

（青岛农业大学园艺学院/青岛市园艺植物遗传改良与育种重点实验室，山东青岛 266109）

【目的】果树的矮生性状是一种重要的农艺性状，对果树的集约化栽培具有重要意义。来自西洋梨实生变异品种‘Le Nain Vert’的矮生性状受控于一个单显性基因，目前关于该基因的序列信息等还不清楚。本研究的目的是开发与其紧密连锁的DNA分子标记，为鉴定该基因提供依据。【方法】根据分离群体分组分析的原理，以‘矮生梨’ב茌梨’和‘2-3’ב绿宝石’2个F1杂交分离群体为试材，应用IIB型限制性内切酶的RAD技术（Restriction association site DNA，2b-RAD）对2对矮生型/普通型对比基因池进行基因组测序分析，在对比基因池间筛选出单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP）位点，从中筛查出位于定位染色体上的SNPs，用高分辨率熔解曲线分析技术（High-resolution melting analysis，HRM）在群体上进一步检测验证，以确定其与位点的连锁关系。【结果】对4个样本（即4个对比基因池）的2b-RAD标签测序文库的测序结果共产生67 186 260条reads，平均每个样本测序reads数为16 796 565。将原始reads进行质量过滤后的统计结果表明，每个样本获得平均unique标签数目为86 810，平均测序深度为77×，该测序深度能够达到准确分型的标准。SOAP软件定位结果表明，4个测序文库中含有酶切位点的高质量reads占测序原始reads的70%以上，表明测序质量较好。在来自2个不同群体的矮生型基因池与普通型基因池间进行对比分析，初步筛选出SNP位点1 317个，其中有8个位于的定位染色体scaffold00074上。……