冯羽娥

（西北农林科技大学园艺学院，陕西咸阳712100）

辣椒全基因组TCP转录因子家族生物信息学分析

冯羽娥

（西北农林科技大学园艺学院，陕西咸阳712100）

利用生物信息学方法对辣椒TCP转录因子家族成员、基因分类、基因结构、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了预测和分析。结果表明，辣椒TCP基因家族包含30个成员，CaTCP蛋白含有95～550个氨基酸，等电点为6.30～10.91。进化树分析将其分为11个不同的亚族。辣椒TCP家族进化树以及基因结构的进一步分析，显示辣椒TCP家族可分为两大类，即ClassI类和ClassII类，而ClassII类可分为两个不同的亚类，即CIN和CYC/TB1亚类。位于同一亚家族的大多数TCP基因具有相似的内含子和外显子结构。此外，染色体定位分析表明，辣椒TCP基因不均衡的分布于辣椒的10条染色体上，其中3号染色体上最多，有7个。

辣椒；TCP；转录因子；全基因组分析

1 材料与方法

在Pfam数据库（http∶//pfam.xfam.org/）下载TCP结构域序列（PF03634），用于在辣椒全基因组数据库（PGD,http∶//peppergenome.snu.ac.kr/,CM334 and Zunla-1 genomes）中检索辣椒TCP基因。同时，拟南芥AtTCP蛋白序列也作为诱饵序列在PGD和NCBI数据库中进行检索。所有检索出的基因（E-value≤0.001）都利用PFAM及NCBI-CDD工具进行蛋白结构预测，删除不含TCP结构域的基因。利用在线程序Ex-PASy ProtParam（Artimo et al.2012;http∶//web. expasy.org/protparam）对辣椒CaTCP基因编码蛋白的等电点和分子量进行分析。

利用ClustalW程序对拟南芥和辣椒TCP蛋白序列进行多序列比对，将多序列比对结果利用MEGA6.0软件进行构建，采用邻接法（Neighbor-Joining，NJ），重复1 000次。利用GSDS程序（GuoAY et al.2007;Gene Structure Display Server∶http∶//gsds.cbi.pku. edu.cn/）对辣椒CaTCP基因结构进行分析。

利用DNAMAN软件对辣椒CaTCP蛋白序列进行多序列比对分析。利用MapDraw工具对辣椒CaTCP家族成员进行染色体定位作图。……