黄耀辉，张 超，周莉花，赵宏波

（浙江农林大学 风 景园林与建筑学院，浙江 临 安311300）

基于转录组序列的夏蜡梅SSR位点特征与引物开发

黄耀辉，张 超，周莉花，赵宏波

（浙江农林大学 风 景园林与建筑学院，浙江 临 安311300）

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR（EST-SSRs）引物，从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列（SSRs），平均密度为5.18 kb，最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复，分别占总SSRs的42.43%，29.50%和23.25%，其中主导类型是（AG/CT）n。利用L16（45）正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应（SSR-PCR）体系：20.0μL含Taq酶0.6 U（1 U=16.67 nkat），镁离子（Mg2+）1.50mmol·L－1，三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTP）0.25mmol·L－1，引物0.20μmol·L－1，DNA 75 ng。针对所有EST-SSRs共设计出15 585对符合要求的引物，随机选择了220对进行聚合酶链式反应（PCR）扩增，其中120对（54.55%）成功扩增出产物，14对在不同种群个体中扩增出多态，平均扩增等位基因数为2.64，7对在同一种群个体中扩增出多态。这些多态引物的开发可为夏蜡梅的遗传分析提供更丰富的标记。图3表4参35

植物学；夏蜡梅；ESR-SSR；引物筛选；扩增体系；正交实验

简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）是一种由1~6个核苷酸为单位多次串联重复组成的核苷酸序列，广泛分布于生物基因组中［1－2］。SSR分子标记技术具有共显性、多态性高、遗传信息量大、稳定性高、重复性好等优点［3－5］，已被广泛应用于遗传多样性分析、种质鉴定、基因定位、功能基因挖掘等领域［1,6－7］。传统的基因组SSR标记技术（genomic-SSR）需要构建DNA文库，耗时耗力［6,8］。表达序列标签SSR（expressed sequence tag SSR，EST-SSR），来源于基因的转录组区，相对genomic-SSR更简便，经济且信息量大、通用性好［6,9］。……