梨树CDPK基因家族进化和表达分析
2017-08-11韩艳丽操庆国颜志明
西北农业学报 2017年7期
关键词:分析
韩艳丽,李 静,操庆国,徐 银,颜志明,2
(1.江苏农林职业技术学院,江苏镇江 212400;2.江苏现代园艺技术中心,江苏镇江 212400)
梨树CDPK基因家族进化和表达分析
韩艳丽1,李 静1,操庆国1,徐 银1,颜志明1,2
(1.江苏农林职业技术学院,江苏镇江 212400;2.江苏现代园艺技术中心,江苏镇江 212400)
钙依赖蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生长和发育、逆境信号刺激及其对病原物的防御反应过程中发挥着非常重要的作用。本研究利用梨树全基因组数据,采用生物信息学的方法,在全基因组水平上对梨树CDPK基因家族进行系谱进化关系、基因结构、共线性关系及表达情况等分析。结果表明,梨树基因组中共存在31个CDPK基因,命名为 PbCDPK1 ~ PbCDPK31。系谱分析结果表明,这些CDPK基因归属于4个亚家族。共线性分析检测到12对CDKP基因间存在显著的共线性关系,其中10对由最近一次发生的全基因组复制事件形成。非同义/同义置换率的比率(dN/dS)说明CDPK基因在功能上进化得非常保守。荧光定量PCR结果发现,5个梨树CDPK基因对干旱逆境有响应。试验结果可为进一步开展梨树CDPK基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供参考。
梨树;CDPK基因;生物信息学;进化;干旱
植物的生长发育和作物产量往往受到外部逆境的影响,这些因素包括干旱、低温、高盐、病原体感染,微生物诱导等。植物体自身形成了一套复杂的信号网络途径来适应多变的外界环境[1]。钙离子(Ca2+)作为第二信使,在细胞信号转导途径中发挥重要作用[2]。在植物中,各种不同的内源和外部信号,如光照、激素、生物胁迫及非生物胁迫都会触发胞浆Ca2+浓度的变化。……
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