李太强，刘雄芳，万友名，李正红，李钰莹，刘秀贤，马 宏

(中国林业科学研究院资源昆虫研究所，云南 昆明 650233)

滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析

李太强，刘雄芳，万友名，李正红，李钰莹，刘秀贤，马 宏*

(中国林业科学研究院资源昆虫研究所，云南 昆明 650233)

[目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征，为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料，为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序，再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条，共得到23 192个SSR，出现频率为31.30%，平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单元类型，分别占SSR总数的69.25%和15.07%，187种重复基元中，所占比例最高的是(AG/CT)n(62.01%)，其次是(A/T)n(12.34%)、(AC/GT)n(4.52%)和(AAG/CTT)n(4.23%)。在SSR和CDS的交集基因中，共发现15 908个SSR位点，其中2 792个位于编码区，出现频率为0.076 SSR/kb，而非编码区为0.344 SSR/kb，在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(1 356, 48.57%)。在不同长度重复单元中，二碱基重复SSR长度变异程度最高，其次是单碱基重复。长梗杜鹃SSR的频率和长度呈显著负相关(P<0.01)，相关系数为-0.566。[结论]长梗杜鹃转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多，具有较高的多态性潜能，用于遗传分析的潜力很大，能满足该物种的保护遗传学研究。

长梗杜鹃；转录组；微卫星特征；潜在多态性

杜鹃花是杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃属(Rhododendron)植物的总称，是“世界三大园艺植物”和“中国十大天然名花”之一。我国具有最丰富的资源蕴藏量，为世界杜鹃花育种做出了巨大贡献。近百年来，国外培育出了数以千计的杜鹃花新品种，既改变了国外园林的风貌，又使杜鹃花形成了一种世界性园艺产业[1]。……