王庆喜，朱丽华

(安阳工学院 计算机科学与信息工程学院，河南 安阳 455000)

基于布谷鸟搜索算法的蛋白质能量优化

王庆喜，朱丽华

(安阳工学院 计算机科学与信息工程学院，河南 安阳 455000)

针对蛋白质折叠预测问题，提出了一种基于布谷鸟搜索算法的蛋白质能量优化方法。该方法首先对原始布谷鸟搜索算法从多种群、进化策略和禁忌搜索等多个角度进行改进，提升了布谷鸟搜索算法的全局搜索能力；改进了布谷鸟搜索算法求解蛋白质能量问题；取得了蛋白质能量的最小值或是可行值。对算法的仿真测试以及与其他算法的数据进行对比，证明本文蛋白质能量优化方法的可行性和优越性。

蛋白质；能量优化；蛋白质折叠预测；布谷鸟搜索算法；多种群；禁忌搜索

蛋白质的一级结构决定了蛋白质的空间结构，而空间折叠结构决定了蛋白质的生物功能，因此蛋白质折叠预测在生物学领域具有重要意义[1]。但是蛋白质折叠预测是一个典型的非确定性多项式问题，随着氨基酸序列的增多，其计算量呈指数级增加，成为生物信息学中的一个具有挑战的研究课题。蛋白质折叠预测问题[2]是在已知氨基酸残基序列的情况下，求解蛋白质的最小能量以及最小能量对应的构象。蛋白质最小能量求解也称为蛋白质能量优化，其在蛋白质折叠预测中起到了基础和决定作用，因此蛋白质折叠预测问题的核心是使用全局优化算法进行蛋白质能量优化。……