刘丽霞，张 丽，田晓静，陈 红，寸海霞，金 丽，谭小音，谢德琼

(西北民族大学 生命科学与工程学院，甘肃 兰州 730030)

猪SLA-DRA基因SNP位点筛选及其生物信息学分析

刘丽霞，张 丽，田晓静，陈 红，寸海霞，金 丽，谭小音，谢德琼

(西北民族大学 生命科学与工程学院，甘肃 兰州 730030)

以八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪为研究对象，利用PCR-SSCP和测序方法对SLA-DRA基因4个外显子进行SNP位点筛选，并利用生物信息学软件预测各SNP位点对DRA基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。结果在3个猪种中共检测到6个DRA基因SNP位点，分别为外显子1的A177G，外显子2的A3093C，以及外显子4的A4167G、A4246G、C4282T和G4293A，其中A3093C、A4167G和G4293A为错义突变，分别导致甲硫氨酸(Met)变为亮氨酸(Leu)、谷氨酰胺(Gln)变为精氨酸(Arg)和精氨酸(Arg)变为组氨酸(His)。以3个错义SNP位点为基础，构建了6种DRA单倍型，其中H1、H3和H6为主要单倍型，频率分别为0.25、0.21和0.21。生物信息学分析表明，三个猪种DRA基因单倍型的mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构与野生型均存在一定的差异。研究结果可为八眉猪、蕨麻猪和甘肃黑猪的保种和抗病育种提供理论依据。

猪;SLA-DRA;SNP位点;生物信息学

主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)是一组高度多态且紧密连锁的基因群，参与免疫反应中的抗原呈递，与机体抗病性和免疫应答密切相关[1]。猪主要组织相容性复合体又被称为猪白细胞抗原(swine leukocyte antigen，SLA)，位于猪7号染色体着丝粒的两端，由Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类分子构成[2-3]。具有功能的经典SLAⅠ类基因编码蛋白质的主要功能是将抗原递呈给 CD8+细胞毒性T细胞，还可以与自然杀伤细胞(NK)相互作用以阻止 NK 细胞介导的细胞毒性；……