APP下载

黑龙江地区鲤疱疹病毒3型的流行病学调查及其主要囊膜蛋白的抗原表位预测

2017-08-07徐黎明赵景壮任广明尹家胜卢彤岩

淡水渔业 2017年4期

李 渊,徐黎明,赵景壮,刘 淼,任广明,尹家胜,纪 锋,卢彤岩

(1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,哈尔滨 150070;2.上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306)

黑龙江地区鲤疱疹病毒3型的流行病学调查及其主要囊膜蛋白的抗原表位预测

李 渊1,2,徐黎明1,赵景壮1,刘 淼1,任广明1,尹家胜1,纪 锋1,卢彤岩1

(1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,哈尔滨 150070;2.上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306)

2015-2016年对来自黑龙江地区46个养殖场送检的鲤鱼进行锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)的分离鉴定,并应用DNAStar等软件对检出的阳性样本的主要囊膜蛋白(Major envelop protein,MEP)基因进行生物信息学分析。结果显示,KHV的检出率约为6.5%,3株阳性样本具有相同的MEP基因序列,称之为KHV-HLJ1516。MEP基因开放阅读框为771 bp,编码256个氨基酸,相对分子质量为28 280.58,等电点为8.40。对KHV-HLJ1516的MEP基因序列同源性分析表明,其与KHV-GZ11分离株仅有1个碱基不同,但并未导致氨基酸发生改变,碱基相似性为99%;而与HZ419分离株相比,KHV-HLJ1516的MEP基因有3个碱基发生突变,相应的氨基酸由Asn变为IIe。聚类分析结果显示,KHV-HLJ1516与KHV-GZ11处于同一分支,而HZ419位于另一分支。B细胞抗原表位预测结果显示,KHV-HLJ1516的MEP的抗原表位主要位于4~11,24~40,42~63,82~110,209~218,238~249氨基酸区段。

鲤疱疹病毒3型;进化分析;流行病学;B细胞抗原表位;预测

锦鲤疱疹病毒病(Koi herpes virus disease,KHVD)是由锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)引起的锦鲤和鲤鱼的一种高致病性疾病,出现症状后24~48 h死亡,死亡率高达80%~90%[1]。到目前为止,包括亚洲、欧洲和北美洲等多个国家均发现该病毒。所以快速准确的诊断已成为关注的重点,目前的诊断方法有细胞培养分离技术[2,3]、电镜观察[4,5]、PCR[6]、酶联免疫吸附剂试验(ELISA)[7,8]、原位杂交技术[9]及环介导等温扩增技术(LAMP)[10]等。……

登录APP查看全文