同步检测PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3的三重RT-qPCR方法的初步建立
2017-06-28胡加谊罗志文李向宏胡福初范鸿雁刘志昕张治礼
胡加谊,罗志文,何 凡,李向宏,胡福初,范鸿雁,刘志昕,张治礼
(1.海南省农业科学院 热带果树研究所,农业部海口热带果树科学观测实验站,海南省热带果树生物学重点实验室,海南 海口 571100;2.黄埔出入境检验检疫局,广东 广州 510730;3.中国热带农业科学院 热带生物技术研究所,海南 海口 571101)
同步检测PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3的三重RT-qPCR方法的初步建立
胡加谊1,2,罗志文1,何 凡1,李向宏1,胡福初1,范鸿雁1,刘志昕3,张治礼1
(1.海南省农业科学院 热带果树研究所,农业部海口热带果树科学观测实验站,海南省热带果树生物学重点实验室,海南 海口 571100;2.黄埔出入境检验检疫局,广东 广州 510730;3.中国热带农业科学院 热带生物技术研究所,海南 海口 571101)
目前我国菠萝产区已相继报道3种菠萝凋萎相关病毒(PMWaV-1、PMWaV-2和PMWaV-3)。通过建立这3种菠萝凋萎相关病毒实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)同步定量检测方法,为菠萝凋萎病毒的定性定量研究提供技术手段。根据这3种菠萝凋萎相关病毒的外壳蛋白基因序列分别设计特异性引物和TaqMan水解探针,在优化PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3三重RT-qPCR反应体系后,以PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3CP基因目的片段的重组质粒为标准品绘制标准曲线,初步建立了PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3三重RT-qPCR检测方法。其中PMWaV-1标准曲线为y=-3.283logx+39.02,其扩增效率达101.7%,线性相关系数R2=0.999;PMWaV-2标准曲线为y=-3.393logx+37.53,其扩增效率为97.1%,线性相关系数R2=0.998;PMWaV-3标准曲线为y=-3.171 logx+38.48,其扩增效率为106.7%,线性相关系数R2=0.996;这表明3种菠萝凋萎相关病毒质粒标准品在同一反应体系中可稳定扩增,且线性关系表现良好,可用于后续试验。灵敏度试验数据表明,该方法对PMWaV-1、PMWaV-2、PMWaV-3的最低检测线分别为99,98,868拷贝;……
