滕少华，夏飞迪，张 巍，刘冬宁，王 洋，邹小勇*

(1.广东工业大学 计算机学院，广东 广州 510006；2.中山大学 化学学院，广东 广州 510275)

基于miRNA-靶位点配对的序列特征研究

滕少华1，夏飞迪1，张 巍1，刘冬宁1，王 洋2，邹小勇2*

(1.广东工业大学 计算机学院，广东 广州 510006；2.中山大学 化学学院，广东 广州 510275)

miRNA与其靶基因的作用机制十分复杂，因此，miRNA靶基因识别问题一直是miRNA研究领域的热点难题。该文基于CLASH数据集，提出了miRNA-靶位点配对序列特征，并使用随机森林建模。实验结果表明，本模型的Acc，Sen，Spe，Pre以及Mcc分别达到90.05%，89.47%，90.56%，90.43%和0.799 8；ROC和PRC的AUC分别为0.954，0.958。相比已有方法，该方法表现出更加良好的性能，说明新引入的miRNA-靶位点配对序列特征对miRNA靶基因识别有很重大的影响。

miRNA；靶基因识别；CLASH；序列分析

MicroRNAs(miRNAs)是一类内源性、长约23个核苷酸(nt)的非编码RNA，主要通过与mRNA 的3'UTR序列实现完全或不完全碱基互补配对，从而达到裂解mRNA和抑制mRNA翻译成蛋白质的目的，在后转录时期和翻译等级发挥重要的基因调节作用[1]。迄今已发现了2 000多个人类miRNA[2]，这些miRNA可能调控着人体80%的基因，在各种生命活动和疾病调控中起着非常关键的作用[3]。由于miRNA靶基因识别的具体机制尚不明确，有效识别miRNA靶基因成为miRNA研究领域的一大难题。单纯用蛋白免疫印迹法[4]以及微阵列法等[5]生物实验方法来鉴别miRNA靶基因，费时而且耗费大。因此借助化学生物信息方法，挖掘miRNA潜在的靶基因，能进一步探讨miRNA作用机制和miRNA基因调控网络，具有重要理论意义和实用价值。

近十年来，研究者提出了多种生物计算方法识别miRNA靶基因。……