结核分枝杆菌Rv2181T、B细胞表位预测及分析
2017-04-11占卫红吴启航赵隆麒王心倩余晓丽
占卫红,吴启航,赵隆麒,王心倩,孙 妍,余晓丽
(武汉轻工大学 生物与制药工程学院,湖北 武汉 430023)
结核分枝杆菌Rv2181T、B细胞表位预测及分析
占卫红,吴启航,赵隆麒,王心倩,孙 妍,余晓丽
(武汉轻工大学 生物与制药工程学院,湖北 武汉 430023)
预测和分析结核分枝杆菌Rv2181抗原的T细胞表位和B淋巴抗原表位的分布状况。首先从NCBI中得到蛋白的氨基酸序列,接着通过BLAST将人类蛋白和得到的序列进行同源性分析,使用SYFPEITHI对MTB中Rv2181蛋白的T淋巴细胞抗原表位,取得分在前2%的多肽作为优势抗原,然后用NETCTL、NetMHC和BIMAS等数据库预测抗原CD8+T和CD4+T细胞表位,综合结果筛选出优势肽段。利用Protean预测到的B细胞抗原表位,再根据IEDB、ABCpred、Bcepred等数据库预测,排除α-螺旋、β-折叠内不易形成表位的序列,将位于β-转角、无规则卷曲处的表位确定为优势表位。通过预测、分析,筛选出Rv2181抗原CD4+T细胞表位中强结合表位120个,弱结合表位495个,综合CD4、8+T的预测,最终筛选出1个优势表位肽段,确定7条优势的B细胞抗原表位区域。预测T、B细胞候选表位为结核病诊断和治疗有重要价值。
结核分枝杆菌;Rv2181;T细胞;B细胞;表位分析
1 引言
一个世纪以来,结核病作为一种对人类的生命安全具有严重威胁的传染病,越来越多的人开始关注它对人类造成的健康问题。据世界卫生组织估计,有860万人感染,130万人死于这种疾病[1]。近年来,通过研究人员的辛勤探索和不断追寻,结核病的检测手段和与它相关的抗结核药物都在日新月异的变换着,但是加强对结核病诊断以及开发新的、有效的抗结核疫苗依旧是结核病研究的热点。……
