徐福意，晁天柱，胡世贤，李凯，周宇荀，周梁良，肖君华

(东华大学生物科学与技术研究所，上海 201620)

中国野生小鼠来源1号染色体替换系缺失突变的发掘及功能注释

徐福意，晁天柱，胡世贤，李凯，周宇荀，周梁良，肖君华*

(东华大学生物科学与技术研究所，上海 201620)

目的 基于野生小家鼠来源1号染色体替换系群体(population of specific chromosome 1 substitution strains, PCSSs)中18个品系的全基因组重测序结果，鉴定1号染色体上的缺失突变并对其进行功能注释。方法 采用Illumina二代测序平台获取18个品系的全基因组序列信息，通过SpeedSeq软件鉴定缺失突变，进一步利用SnpEff软件完成功能注释。结果 在18个品系的1号染色体上共检测到13 803个缺失突变。缺失长度从51 bp到70 kb不等，其中长度<500 bp的缺失突变约占总数的50%。多数缺失突变位于内含子区(50.361%)和基因间隔区(28.745%)。发现31个蛋白编码基因含有功能性缺失，其中有3个基因和人类疾病相关，7个基因参与了11条KEGG通路。结论 PCSSs的1号染色体上含有丰富的缺失突变，是在研究复杂性状的重要遗传标记。

缺失突变鉴定；二代测序；功能注释；PCSSs

现有近交系小鼠品系匮乏的遗传多样性是其在多基因复杂性状研究中进展缓慢的主要原因[1]。以具有丰富遗传多样性的野生小家鼠为供体建立的PCSSs，克服了近交系小鼠在数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)研究中的局限性，是QTL精确定位、基因鉴定的理想资源[2]。缺失突变作为结构变异的一种重要类型，其大小从1 bp到几十kb不等，广泛分布于人和小鼠基因组中[3,4]。研究表明，缺失突变与许多人类疾病相关[3,5]。在小鼠基因组中，缺失突变已被证明和血清尿素浓度等[6]性状相关。但迄今，PCSSs的野生小家鼠来源1号染色体中缺失突变的遗传多态性未被解析。

随着二代测序技术的不断发展，低成本、高通量的全基因组测序得以实现。通过全基因组测序，不仅可以检测单个位点的遗传突变，如单核苷酸多态性，也可以实现全基因组范围内复杂的结构变异检测，包括插入、缺失、倒位、重复等。……