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粘质沙雷氏菌几丁质酶基因ChiA克隆及生物信息学分析

2016-12-24孟利强沙长青张先成张淑梅赵晓宇

微生物学杂志 2016年1期
关键词:结构分析

孟利强, 沙长青, 张先成, 张淑梅, 赵晓宇, 曹 旭, 李 晶*

(1.黑龙江省科学院 微生物研究所 生物工程重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150010;2.黑龙江省科学院高技术研究院,黑龙江 哈尔滨 150020;3.黑龙江省科学院 条件财务处,黑龙江 哈尔滨 150001)



粘质沙雷氏菌几丁质酶基因ChiA克隆及生物信息学分析

孟利强1,2, 沙长青1,3, 张先成1, 张淑梅1,2, 赵晓宇1,2, 曹 旭1,2, 李 晶1,2*

(1.黑龙江省科学院 微生物研究所 生物工程重点实验室,黑龙江 哈尔滨 150010;2.黑龙江省科学院高技术研究院,黑龙江 哈尔滨 150020;3.黑龙江省科学院 条件财务处,黑龙江 哈尔滨 150001)

通过生物信息学技术对ChiA基因序列进行分析预测,了解ChiA的基因结构及蛋白质性质。从自有菌株(粘质沙雷氏菌SerratiamareescensS68)中克隆到几丁质酶基因ChiA,利用相关软件对ChiA基因序列进行分析预测。ChiA基因全长1 714 bp,开放阅读框编码563个氨基酸,推测其编码的蛋白质分子量为60 983.8 Da,等电点为6.35,是一种稳定的亲水性蛋白质。预测ChiA可能存在信号肽,切割位点在第23~24位氨基酸之间,1~23位氨基酸为其跨膜结构,其余肽链位于细胞外。ChiA主要存在3种二级结构元件,在二级、三级结构中都有体现。该ChiA是一种水溶性蛋白质,结构稳定且可以分泌到胞外。

粘质沙雷氏菌;几丁质酶;基因克隆;生物信息学

几丁质(chitin)又称甲壳素,是由N-乙酰-2-脱氧-D-葡萄糖聚合而成的大分子多糖,广泛存在于自然界藻类、细菌、放线菌等体内的多聚物,是仅次于纤维素居第二位的可再生资源[1]。几丁质酶(chitinase)可以催化水解几丁质的β-1,4糖苷键生成几丁寡糖和N-乙酰-氨基葡萄糖,是非常重要的保健品和医疗原材料[2]。……

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