袁 月，张亚光，高世敏，陶建敏



葡萄基因家族生物信息学及表达

袁 月，张亚光，高世敏，陶建敏

（南京农业大学园艺学院，南京210095）

【目的】OVATE是一类调控植物生长发育的转录抑制因子，对葡萄基因家族（）进行生物信息学和组织特异性表达分析，为该类基因的功能研究奠定基础。【方法】根据OVATE保守域蛋白序列（PF04844）对葡萄基因家族进行鉴定，利用生物信息学方法对葡萄基因家族染色体定位、基因结构、保守结构域、亚细胞定位等方面进行预测和分析，并分析葡萄和拟南芥基因家族的进化关系。采用实时荧光定量PCR技术检测组织表达特性。【结果】葡萄基因家族包含17个成员，不均匀地分布在11条染色体上，均没有内含子结构，编码115—444个氨基酸，等电点4.55—9.69，均为亲水蛋白；所有蛋白均包含完整的OVATE保守结构域，亚细胞定位主要在细胞核中。根据进化树拓扑结构，将葡萄和拟南芥OVATE蛋白家族聚为六类(I—VI)，其中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ类仅包含两个基因，Ⅰ、Ⅳ、Ⅵ类中和相互交错地聚类在一起；和共包含10个未知基序，保守元件1和2位于OVATE结构域区域，此外，在OVATE结构域外每个类别均包含特有基序。具有组织表达特异性，12个基因在根、茎、叶、花和果实中均可以检测到表达，其余5个基因仅在特定组织中表达。多数在根、嫩茎和花中表达量较高，在嫩叶和果实中仅检测到少数基因表达；在不同发育期表达量存在差异，通常在开花前1周和开花期表达量较高，而花后4周果实中表达量较低。1对旁系同源基因表达模式相似，3对旁系同源基因产生了新的表达模式。……