李春川 潘孝明 王静 董平 李敬 梁兴国

（中国海洋大学食品科学与工程学院，青岛 266003）

反向重复序列DNA的PCR扩增特性研究

李春川 潘孝明 王静 董平 李敬 梁兴国

（中国海洋大学食品科学与工程学院，青岛 266003）

旨在研究反向重复序列形成的发卡结构对模板扩增的影响。研究DNA发卡结构中环部大小、茎部长度、引物相对于茎部位置等对PCR扩增效率的影响，探讨如何通过引物设计及改变退火温度等条件来实现发卡结构DNA的有效扩增的方法。结果显示，如果引物的位置同发卡结构茎部5'序列相同或部分相同，则由于发卡结构的形成阻碍引物与模板结合而对PCR产生抑制作用，并且抑制作用随着茎部长度的增加而增强；当环部的长度达到50 nt以上时，抑制作用明显减弱。较高的退火温度和引物浓度都有助于引物同分子内形成发卡结构的竞争，使PCR扩增更容易进行。

发卡结构；PCR扩增；反向重复序列

随着人类基因组计划（Human genome project，HGP）的完成以及高通量测序技术的不断发展完善，众多生物的基因组信息得以确定。在分析基因组序列过程中，大量的重复序列的发现引起了科研工作人员的重视，其多样性和广泛性［1-3］也得到了越来越多的研究。重复序列是指基因组中不同位置出现的相同或对称性片段，其中，反向重复列（Inverted repeat，简称IR）是指同一DNA链内下游存在着与上游某一段序列互补的序列，是重复序列中一类具有生物学意义的序列［4］，其特点是可形成具有双螺

旋茎部和单链环的发卡结构，即在同一条DNA链内碱基发生互补配对形成DNA双螺旋的茎部，而两个反向重复序列单元之间的序列形成单链的环部。……