黄晓宇,袁军虎,杨巧丽,马艳萍，滚双宝,3

(1.甘肃农业大学 动物科学技术学院,甘肃 兰州 730070;2.河南省漯河市畜牧局,河南 漯河 462000;3.甘肃省现代养猪工程技术研究中心,甘肃 兰州 730070)



烟台黑猪SLA-DQA基因编码区多态性及生物信息学分析

黄晓宇1,袁军虎2,杨巧丽1,马艳萍1，滚双宝1,3

(1.甘肃农业大学 动物科学技术学院,甘肃 兰州 730070;2.河南省漯河市畜牧局,河南 漯河 462000;3.甘肃省现代养猪工程技术研究中心,甘肃 兰州 730070)

采用 PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对烟台黑猪SLA-DQA基因多态性进行研究,预测其蛋白质结构并分析其功能特征。结果显示:SLA-DQA基因 exon 2、exon 3、exon 4 分别检测出4 种等位基因,5 种基因型、6 种等位基因,8 种基因型、4 种等位基因,7 种基因型,包括3种新等位基因。SLA-DQA基因共编码 255 个氨基酸,编码区共发现 32 个核苷酸突变和 13 个氨基酸变异,exon 2 多态性最为丰富。蛋白质结构预测结果显示二级结构中无规则卷曲和延伸链比例最高,α 螺旋数量多且集中,β 折叠最少。功能预测结果显示，SLA-DQA基因蛋白质在能量代谢、结构蛋白和生长因子等方面几率较高。本研究结果可为SLA-DQA基因在猪抗病分子育种中的应用提供理论依据。

烟台黑猪;SLA-DQA基因;编码区;多态性;蛋白质结构

猪的主要组织相容性复合体即猪白细胞抗原复合体(Swine lymphocyte antigen,SLA),是猪染色体上一组紧密连锁、与免疫应答和抗病性密切相关的高度多态的基因群。SLA抗原定位于 7p12-q12,按其抗原结构和功能主要分为三大类,其中 Ⅱ 类抗原位于SLA-D区,是由34 kDa 的 α 链和 29 kDa 的 β 链以非共价键结合的异质二聚体,主要包括DRA、DRB、DQA、DQB、DOB、DPA、TAP、LMP等基因[1-3]。……