李晓琴，张春城

（北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京 100124）

Bromodomain-like折叠类型模板的设计

李晓琴，张春城

（北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京 100124）

针对折叠类型分类中所选天然模板普适性不足的问题，提出了Bromodomain-like折叠类型模板的设计方法.选SCOPe Astral 2.03序列相似度小于40%并且分辨率高于0.25 nm的52个可用Bromodomain-like折叠样本，基于多结构比对结果及数据分析，建立了折叠类型家族模板的设计方法.利用系统聚类方法构建了家族模板的系统聚类图，提出了蛋白质折叠类型模板的设计方法，并用于该折叠类型的模板设计.结果表明:设计模板具有普适性，可用于蛋白质折叠类型分类.

折叠类型分类；模板设计；结构比对；系统聚类

蛋白质的结构能够提供蛋白质的很多信息，有助于了解蛋白质的功能和分子机制［1］.目前，研究蛋白质结构的方法有2种，分别为实验测定方法和理论预测方法.实验测定蛋白质三维结构的方法主要采用X-ray晶体衍射法［2］和核磁共振波谱法.传统的基于Anfinsen“热力学假说”［3］原理的蛋白质三维结构预测方法通常可分为3类:同源模建方法、折叠识别方法和从头预测法［4-5］.同源模建受到序列相似度的限制，从头计算运算量太大，介于2种方法之间的折叠识别被认为是最有前途的方法，其基本思想是:预测的蛋白质折叠类型与某一已知结构的蛋白质折叠类型相同，这样蛋白质的折叠问题就转化为在已知空间结构的蛋白质中，选择一种最有可能的……