基于SSR标记的255个枣品种亲缘关系和群体遗传结构分析
2016-09-19刘秀云刘志国刘孟军
刘秀云,李 慧,2,刘志国,赵 锦,刘孟军,4
(1河北农业大学/中国枣研究中心,河北保定 071001;2宁夏农林科学院种质资源研究所,宁夏银川 750002;3河北农业大学生命科学学院,河北保定 071000;4北京林果业生态环境功能提升协同创新中心,北京 102206)
基于SSR标记的255个枣品种亲缘关系和群体遗传结构分析
刘秀云1,李 慧1,2,刘志国1,赵 锦3,刘孟军1,4
(1河北农业大学/中国枣研究中心,河北保定 071001;2宁夏农林科学院种质资源研究所,宁夏银川 750002;3河北农业大学生命科学学院,河北保定 071000;4北京林果业生态环境功能提升协同创新中心,北京 102206)
【目的】枣原产中国,种质资源丰富。对来自中国22个省区不同用途的255个枣品种进行SSR分析,揭示这些不同产地来源的枣种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为枣种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】利用改良CTAB提取供试枣种质的基因组DNA,以前期枣基因组测序挖掘出的SSR引物为基础,进行高效率引物筛选,并利用SSR分子标记技术对255份枣种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,然后利用8%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染后显色。根据条带有无统计数据,计算出多态性位点百分率(PIC),用NTSYS软件进行UPGMA聚类分析;利用Structure软件分析群体遗传结构,计算出最适群体数目,构建遗传结构图。【结果】从64对SSR引物中筛选出23对高效率SSR引物,在供试材料中共检测出117个多态性位点,各引物扩增的多态性位点数为2—10条,每对引物平均扩增多态位点数为5.09个,PIC值变幅为0.359—0.727,平均为0.548,这些多态性引物可应用到其他枣种质资源的研究中;……
