崔 雨,鲍印广,王洪刚,2,李兴锋,2

(1.山东农业大学作物生物学国家重点实验室,山东泰安 271018; 2.国家小麦改良中心泰安分中心,山东泰安 271018)



基于RNA-seq技术开发中间偃麦草基因组特异分子标记

崔 雨1,鲍印广1,王洪刚1,2,李兴锋1,2

(1.山东农业大学作物生物学国家重点实验室,山东泰安 271018; 2.国家小麦改良中心泰安分中心,山东泰安 271018)

摘要：中间偃麦草(Thinopyrum intermedium,2n=6x=42,JJJSJSStSt或EeEeEbEbStSt)是小麦遗传改良的重要近缘植物，高抗锈病、白粉病等病害，耐逆性强。开发中间偃麦草基因组特异分子标记对于加快其优异基因向普通小麦中的转移和利用具有重要意义。为建立快速准确开发中间偃麦草基因组特异分子标记的新体系，首先利用RNA-seq技术对中间偃麦草及其基因组供体二倍体长穗偃麦草、百萨偃麦草、假鹅观草的苗期叶片进行转录组测序，然后根据测序结果设计EST-SSR引物，对普通小麦、中间偃麦草及其基因组供体材料进行DNA扩增分析，从中筛选鉴定中间偃麦草基因组特异标记。结果表明，在所合成的200对EST-SSR引物中，有75对引物(37.5%)在中间偃麦草、二倍体长穗偃麦草、百萨偃麦草和假鹅观草中具有特异扩增，引物多态率较高。说明利用RNA-seq技术开发EST-SSR引物可以高效地用于筛选中间偃麦草基因组特异分子标记，这一技术体系也可应用于其他作物及其近缘物种的特异分子标记开发。

关键词：中间偃麦草；小麦；RNA-seq；特异分子标记

中间偃麦草为多年生野生草本植物，是小麦重要的近缘植物之一，其先后被划入小麦属(Triticum)、冰草属(Agropyron)、偃麦草属(Elytrigia)和类麦属(Thinopyrum)。……