刘 凯，谢 楠，冯晓宇，刘新轶，潘彬斌，姚桂桂

(杭州市农业科学研究院，浙江 杭州 310024)



三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析

刘 凯，谢 楠，冯晓宇，刘新轶，潘彬斌，姚桂桂

(杭州市农业科学研究院，浙江 杭州 310024)

摘要：利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序，获得了大量EST序列后，利用MISA软件进行微卫星信息分析。结果表明，通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条，长度31.9 Mb，发现8853个SSR，出现频率为14.1%。在三角鲂EST-SSR中，重复单元以1～2碱基重复为最多，并以长度小于16 bp的短重复序列为主，间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值，且在单纯型SSR中SSR长度越长，其RPKM均值则越低。因此，对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记，并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考。

关键词：三角鲂；表达序列标签；微卫星；序列分析

三角鲂(Megalobramaterminalis)隶属鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)鲌亚科(Culterinae)鲂属(Megalobrama)，在我国岭南以北各大水系均有分布。受捕捞、环境因素的影响，目前，国内三角鲂的野生自然资源量已经相对匮乏，仅在钱塘江、长江中游、珠江、黑龙江有一定数量的分布。其中以钱塘江流域三角鲂最为著名，钱塘江六和塔附近一带的“塔鳊”以及梅城三江交汇处盛产的“三江鳊”均指三角鲂，该品种具有生长快、病害少、养殖效益高、成活率高、肉质好、经济价值高等优势[1]。目前，三角鲂已成为浙江省主要特色名优淡水养殖品种之一，尤其是杭州地区，三角鲂养殖已形成相当大的规模。

随着养殖规模的不断扩大，进一步保护、开发钱塘江三角鲂，推动三角鲂养殖产业化发展成为迫在眉睫需要开展的工作。……