应用SNP标记高效鉴定黄瓜杂交种纯度
2016-06-06姚丹青朱文莹张微微楼坚锋潘俊松
姚丹青,朱文莹,张微微,楼坚锋,潘俊松
(1.上海市种子管理总站,上海 201103;2.上海交通大学,上海 200240;3.上海农林职业技术学校,上海 201699)
应用SNP标记高效鉴定黄瓜杂交种纯度
姚丹青1,朱文莹2,张微微3,楼坚锋1,潘俊松2
(1.上海市种子管理总站,上海201103;2.上海交通大学,上海200240;3.上海农林职业技术学校,上海201699)
摘要以71个市售黄瓜品种为材料,应用高分辨率熔解曲线技术筛选可用于黄瓜纯度检验和品种鉴定的SNP位点,并通过焦磷酸测序验证,得到14个SNP位点,这些位点在71个市售黄瓜品种中的多态信息量为0.079~0.528。为确保结果的准确性,利用该鉴定方法检测黄瓜杂交种F1的94粒种子,结果显示,Chr0108等6个SNP位点检测的种子纯度均为100%,且鉴定结果与SSR标记检测方法相符。表明,对供试样品同时进行这6个SNP位点的检测分析,能够更加可靠、准确、高效地鉴定其纯度,并可用于DUS测试分析,为今后葫芦科作物的品种审定和新品种保护等工作奠定基础。
关键词黄瓜;种子纯度;SNP标记;高分辨率熔解曲线;焦磷酸测序
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP),是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,主要有密度高、遗传稳定性好、具有代表性、分析易自动化等特性,已成为继SSR之后的第3代分子标记,近年来被广泛应用于蔬菜分子辅助育种及品种鉴定。Jung 等[1]利用Allele Specific PCR(AS-PCR)方法从COSⅡ (conserved ortholog setⅡ) 标记中筛选出40个辣椒SNP位点,能完全鉴定17个甜椒品种和81个辣椒品种中的79个。赵婷婷[2]利用SNP标记技术筛选出基因 Cf-9的单碱基突变位点,获得含有番茄抗叶霉病基因 Cf-9的番茄材料,为培育新抗病品种提供物质基础。……
