王秀华 李家丽 蒲艳艳 丛晓翔 林雪婷 于鸿翔 赵岩

摘要：为加速分子标记在黑麦草中的应用，利用黑麦草EST数据库（GenBank/dbEST）开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中，共发现346条SSR序列，占整个EST总数的1.344%。其中，三核苷酸基序最多（39.60%），次之为二核苷酸基序（31.79%）。三核苷酸基序以GGC/CCG出现频率最高，为8.38%，其次是CGC/GCG（7.51%）、GCC/CGG（4.05%）和ATG/TAC（2.02%），二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高（14.45%），其次是GA/CT（10.98%）。根据这些含有SSR的EST序列，利用Primer Premier 5.0软件，对346条EST-SSR序列进行引物设计，共设计引物193对，其中分值在90分以上的有113对（32.66%）。利用GenBank的BlastN和BlastX程序对相应113条EST进行功能分析，72条EST序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。

关键词：黑麦草；EST-SSR；信息分析；引物设计；功能分析

中图分类号：S543+.601文献标识号：A文章编号：1001-4942（2016）10-0001-06

黑麦草属禾本科（Poaceae）黑麦草属（Lolium）植物。其中最具有商业价值的两个种为多年生黑麦草（Lolium perenne L.）和多花黑麦草（Lolium multiflroum L.），作为草坪草和优质牧草在我国均有大面积栽培和利用[1，2]。

目前，黑麦草中常用的分子标记技术主要有RAPD[3]、CAPS[4]、AFLP[4，5]、SSR[6]、EST-SSR[7]等。SSR（simple sequence repeat）标记在遗传图谱的构建[8]、遗传多样性和亲缘关系分析[9]、品种指纹图谱及纯度鉴定[10]、功能基因标记[11]等方面具有公认的优越性和广阔的应用前景。但传统的基因组SSR标记开发投入多、耗时长。近年来，随着GenBank中大量EST（expressed sequence tags）序列的公布，许多植物基于EST的SSR（EST-SSR）标记开发成为可能。与基因组SSR相比，EST-SSR具有开发成本低、物种间通用性高、可直接反映相关基因的多样性等突出优点。目前许多作物如小麦、大麦、高羊茅、蒺藜苜蓿等的EST-SSR已被开发并用于遗传作图、遗传多样性、基因发掘、比较作图等研究[12-15]。……