杨奕　孙一丁　马继琼　王炎炎　许明辉

(云南省农业科学院 生物技术与种质资源研究所/ 云南省农业生物技术重点实验室/ 农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室， 昆明 650223; *通讯联系人，E-mail：xuminhui@sohu.com)



云南地方稻种抗稻瘟病基因Pi-d3序列变异分析

杨奕孙一丁马继琼王炎炎许明辉*

(云南省农业科学院 生物技术与种质资源研究所/ 云南省农业生物技术重点实验室/ 农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室， 昆明 650223;*通讯联系人，E-mail：xuminhui@sohu.com)

杨奕，孙一丁，马继琼，等. 云南地方稻种抗稻瘟病基因Pi-d3序列变异分析. 中国水稻科学， 2016， 30(1)： 17-26.

摘要:对来自云南的80份地方稻种抗稻瘟病基因Pi-d3编码区序列进行了PCR扩增并测序分析。结果表明，与地谷相比，80份云南地方稻种的Pi-d3编码区序列(全长2775 bp)存在39个变异位点，平均变异率为1.41%。所有材料可以归为37种单倍型，频率较高的单倍型是H8(28.8%)、H4(11.3%)、H23(5.0%)，其他单倍型频率较低，显示了云南地方稻种Pi-d3基因变异丰富，单倍型类型多，但频率较低。37种单倍型中存在28个氨基酸差异位点，共编码33种蛋白，其中18种单倍型共计32份材料(包括12份籼稻品种)出现了假基因，假基因化的频率较高，可能是粳稻Pi-d3假基因化向籼稻渗透。除已发现的737位氨基酸假基因位点外，新发现32和467两个假基因位点。Pi-d3基因在籼稻、粳稻亚种，水稻、陆稻，黏稻、糯稻的单倍型类型及频率两方面均存在差异，表明亚种间或生态型间发生了一定的遗传分化。37种单倍型在云南的地理分布呈大分散、小聚居的特点，普洱、版纳、临沧的单倍型种类最丰富，并以之为中心向外扩展，单倍型种类随之减少。……