倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性
2016-04-28许在恩李兵娟陈虹君郭小勤浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地浙江临安311300
许在恩,俞 瑜,李兵娟,陈虹君,郭小勤(浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地,浙江临安311300)
倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性
许在恩,俞瑜,李兵娟,陈虹君,郭小勤
(浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地,浙江临安311300)
摘要:为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非ε类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性,分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e,14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子,编码序列(CDS)大小为771~789 bp。14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e和14-3-3f编码区序列中分别有21,19,26和17个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率分别为1SNP/38 bp,1SNP/41 bp,1SNP/30 bp,1SNP/46 bp,基因核苷酸多样性(π)值分别为0.012 17,0.011 83,0.015 21,0.010 38。同一基因在不同竹种间氨基酸序列一致性均达99%以上,毛竹Phyllostachys edulis Pe14-3-3b,Pe14-3-3c,Pe14-3-3e,Pe14-3-3f蛋白的理化性质非常相似,均为亲水性蛋白,含量较多的是丙氨酸(ala),谷氨酸(glu),亮氨酸(leu),等电点为4.75~4.90,这4个蛋白的二级结构也非常相似,α-螺旋结构含量最高,无规则卷曲其次,β-转角和延伸链很少。上述研究为进一步探索竹类植物14-3-3生物学功能奠定基础。图3表3参27
关键词:分子遗传学;倭竹族;竹类植物;14-3-3基因家族;单核苷酸多态性
1976年,MOORE从牛脑组织中分离出一种可溶性蛋白,并依据其经二乙氨乙基纤维素柱(DEAEcellulose)层析后分离组分的片段数目和在淀粉凝胶电泳中迁移的位置而命名为14-3-3蛋白[1]。14-3-3蛋白是一类多基因家族蛋白,存在7个14-3-3亚型,用希腊字母命分别名为β,ε,γ,η,δ,τ,ζ,根据蛋白核心区域构建进化树,将它们分为ε类和非ε类[2]。在拟南芥Arabidopsis thaliana和水稻Oryza sativa中,14-3-3基因家族分别有13个和8个成员,序列中间区域同源性较高(51%),N端同源性较低(14%),C端极不保守[3-4]。……
