黄　凯　陈慧杰　刘方奇　徐　烨　李　轩　南　蓬

(1复旦大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室　上海　200433;2上海同达科信生物技术发展有限公司　上海　200080;

3上海生物信息技术研究中心　上海　201203; 4复旦大学附属肿瘤医院大肠外科　上海　200032;

5中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所　上海　200032)



多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变

黄凯1,2陈慧杰3刘方奇4徐烨4李轩5南蓬1△

(1复旦大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室上海200433;2上海同达科信生物技术发展有限公司上海200080;

3上海生物信息技术研究中心上海201203;4复旦大学附属肿瘤医院大肠外科上海200032;

5中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所上海200032)

【摘要】目的探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌 (colorectal cancer,CRC)中检测错配修复 (mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用。方法收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况。结果31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18%可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9%,平均测序深度为2 282。在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异 (single nucleotide variation,SNV)、2种同义 SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV。检测结果经Sanger法测序验证,结果一致。……