陈兴奎

（辽宁省锦州市农业科学院，辽宁锦州121017）



高通量测序技术及EST-SSR标记在蔬菜研究上的应用

陈兴奎

（辽宁省锦州市农业科学院，辽宁锦州121017）

高通量测序技术又称下一代测序技术（Nextgeneration sequencingtechnology），1次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，与以往的测序技术相比，其特点是通量高、测序成本显著降低、测序时间显著缩短。转录组测序（RNA-seq）是利用高通量测序技术直接对由mRNA逆转录生成的cDNA序列进行测序，产生数以千万计的reads数量，从而使得基因组区域中不同基因的转录水平可以直接通过比对到该基因组区域的reads数来衡量[1]。在已完成基因组测序的物种中，可将RNA-seq结果与基因组DNA序列数据进行对比，从而得到基因表达、可变剪切、基因结构优化、新基因发现等分析结果。对于没有参考基因组的物种，可以进行de novo转录组测序研究，即对所得到测序读长片段进行de novo组装，进而得到该物种的单一基因序列集（unigenes）数据[2]。

迄今，国内外已有多篇关于利用转录组高通量测序技术对植物抗病相关基因进行分析研究的报道。李湘龙等[3]对水稻和稻瘟菌互作早期转录组进行了测定和分析，克隆和鉴定在互作早期表达的稻瘟菌效应蛋白基因，从总计约12.5M条序列标签中分离和鉴定了338942条来源于稻瘟菌的序列，并最终定位到779个稻瘟菌预测基因，其中108个基因很可能参与了水稻和稻瘟菌互作过程，42个基因为预测的分泌蛋白基因。通过RT-PCR分析，最终确认了42个预测分泌蛋白基因中有12个基因在侵染水稻早期有显著的表达，而其中有4个基因表现为侵染早期特异表达。……