颜正豪褚昊月，2郭静张晟亓庆国



不同龋敏感儿童牙菌斑微生物多样性分析

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【摘要】目的 利用高通量测序方法，研究ECC儿童和S-ECC儿童牙菌斑微生物的多样性变化，探索儿童龋病的病因学。方法 采集ECC儿童和S-ECC儿童牙菌斑样本，利用Illumina MiSeq测序方法，针对16SrRNA基因V4变异区设计通用引物进行测序分析菌群微生物的群落变化。结果 测序总共测得1 669 057条有效序列，平均有效率为89.16%，共1 514个操作分类单位（OTU）。结论 儿童龋病的发生发展与链球菌属等菌属密切相关，其种群的多样性呈现特异性的富集。

【关键词】低龄儿童龋；牙菌斑微生物；微生物多样性；高通量测序

儿童龋病严重影响儿童的口腔及身心健康，其发病是口腔牙菌斑生态平衡失调的结果[1-2]。本研究利用高通量测序平台对ECC儿童和S-ECC儿童牙菌斑进行群落分析，以期为儿童龋病生态学的评估提供新的研究策略。

1 材料及方法

1.1 样本采集、儿童牙菌斑微生物总DNA提取

由两名口腔专业医师担任检查者，无菌探针刮取乳磨牙颊面菌斑。记录龋失补牙面数低龄儿童龋（early childhood caries，ECC；dmfs≥1），重度低龄儿童龋（severe early child-hood，S-ECC）纳入标准为患儿口内龋失补牙面数（dmfs）≥4（3岁），≥5（4岁），≥6（5岁）[3]。每组各20人。随机抽取8名ECC儿童和7名S-ECC儿童牙菌斑。采用CTAB法对样本的基因组DNA进行提取，并送诺禾致源公司进行测序。

1.2 信息分析流程

1.2.1 α-多样性分析 分析样品内的群落多样性，利用Qiime软件（Version1.7.0）对样品复杂度指数进行分析。

1.2.2 物种丰度注释 根据样品在门和属水平的OTU进行聚类分析。

1.2.3 OTU分析 利用Uparse软件对所有样品的全部有效序列进行聚类并形成OTU并行分析。……