黄颡鱼cGnRH基因的筛选鉴定及生物信息学分析
2016-02-07王乐卢建国王平平栾培贤王秋实孙效文
王乐,卢建国,王平平,栾培贤,王秋实,孙效文
(中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江 哈尔滨150070)
黄颡鱼cGnRH基因的筛选鉴定及生物信息学分析
王乐,卢建国,王平平,栾培贤,王秋实,孙效文
(中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江 哈尔滨150070)
本研究在前期已获得的黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco转录组基础上,利用BLAST程序从中筛选获得黄颡鱼cGnRH基因的候选序列,再通过氨基酸序列分析从中筛选获得cGnRH的全长cDNA为261bp,编码86个氨基酸,其核心十肽的序列为QHWSHGWYPG,相对分子质量为9 755.5、理论PI值为9.02。序列同源比对发现:黄颡鱼与斑马鱼Danio rerio、草鱼Ctenopharyngodon idella、鲤Cyprinus carpio中cGnRH氨基酸的相似性分别高达70.93%、68.60%和67.44%。用MEGA构建的黄颡鱼与其他27种硬骨鱼cGnRH的Neighbour-joining进化树发现,黄颡鱼cGnRH先与脂鲤科的墨西哥丽脂鲤Astyanax mexican共聚类,再依次与鲤科的斑马鱼、草鱼、黑头呆鱼Pimephales promelas、稀有鮈鲫Gobiocypris rarus等鱼的cGnRH序列聚类。本研究首次筛选获得黄颡鱼的cGnRH序列,并利用生物信息学软件进行鉴定分析,为后续的基因表达和cGnRH调节生长生殖作用的研究提供序列资源及基础。
黄颡鱼;促性腺激素释放激素;序列分析
黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco主要产于长江支流,广泛分布于长江、黑龙江、珠江等内陆水域[1]。黄颡鱼肉质细嫩鲜美,无肌间刺,富含蛋白质,是一种重要的淡水鱼类,深受消费者喜爱的美味,具有重要的经济价值,在日本、韩国、东南亚等国家亦有巨大的市场,是出口创汇的优良鱼类[2]。但由于其生长较为缓慢,雌鱼更甚,限制了黄颡鱼的养殖及推广[3]。
促性腺激素释放激素(Gonadotropin-releasing hormone,GnRH)是一个保守的神经家族,具有调节生物性腺发育和诱导性成熟的作用。……
