使用多特征预测蛋白质棕榈化位点

张田雷1,王睿1，徐晖2

(1.陕西理工学院 化学与环境科学学院， 陕西 汉中 723000；2.汉中市产品质量监督检验所， 陕西 汉中 723000)

[摘要]采用改进的氨基酸组成、SARAH1疏水尺度值、改进的二肽频率特征、间隔氨基酸对组成特征、蛋白质物理化学性质的自相关函数特征值表征给定的蛋白质序列段，然后用小波频谱来提取特征参数值，用支持向量机来预测棕榈酰化位点。模型查准率为0.880，查全率为0.859，F值为0.869，ROC曲线的面积为0.87。研究结果表明，使用多特征预测蛋白质棕榈化位点方法达到了现有预测算法的水平，能够较准确地预测蛋白质棕榈化位点。

[关键词]棕榈化；位点；蛋白质

[文章编号]1673-2944(2015)05-0054-06

[中图分类号]O643.32+2

收稿日期：2015-01-23

基金项目：陕西理工学院校级人才启动项目(SLGQD13(2)-4)

作者简介：张田雷(1982—)，男，山西省朔州市人，陕西理工学院讲师，博士，主要研究方向为理论与计算化学。

DOI[7]MCCORMICK P J,DUMARESQ-RON K,PLUVIOSE A S,et al.Palmitoylation controls recycling in lysosomal sorting and trafficking[J].Traffic,2008,9(11):1984-1997.

棕榈酰化是一种最普遍且唯一可逆的翻译后修饰形式，能增加蛋白质的疏水性，对蛋白质的转运、细胞器定位和功能具有重要的作用，并赋予蛋白质多样化的生理功能[1-3]。棕榈酰化蛋白质参与组成各种细胞膜脂质结构域，促进自身或其蛋白质定位膜脂筏(富含胆固醇、鞘磷脂和GPI微结构域)中；蛋白质棕榈化还与特定的疾病相关，参与肿瘤的发生发展[1-8]。

近年来，国内外许多有影响的研究小组分别围绕棕榈化位点的预测，棕榈基化反应机理、抑制蛋白质棕榈化修饰及其对人体的影响等科学问题开展了大量的实验和部分理论研究。……