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全基因测序确定囊性纤维化患者之间脓肿分枝杆菌传播的研究：回顾性队列分析

Bryant JM, Grogono DM, Greaves D, et al. Whole-genome sequencing to identify transmission ofMycobacteriumabscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet， 2013，381(9877): 1551-1560.

背景和目的 越来越多的肺囊性纤维化患者感染脓肿分枝杆菌，引起进行性的肺破坏，治疗难度非常大，此类患者如何感染脓肿分枝杆菌的机制尚不明确，越来越多的证据表明可能存在患者之间的传播，本研究的目是为了明确肺囊性纤维化患者感染脓肿分枝杆菌的机制。方法 收集2007至2011年英国剑桥派普沃斯肺部感染成人囊性纤维化中心诊治的31位患者，通过持续分离获得168株脓肿分枝杆菌菌株，对菌株进行全基因测序及抗菌药物敏感试验。同时对环境中的非结核分枝杆菌进行培养检测，用流行病学数据及网络比对分析明确是否存在院内或者院外的交叉感染。结果 31例囊性纤维化合并脓肿分枝杆菌的患者中有13例位感染了脓肿分枝杆菌脓肿亚种(M.abscessussubspabscessus)，15位感染了massiliense亚种(M.abscessussubspmassiliense)，2例感染bolletii亚种(M.abscessussubspbolletii)，还有1例既感染脓肿亚种又感染massiliense亚种统计分析时被排除。用菌株全基因测序分析来确定菌株之间是否存在亲缘关系。结果表明两个脓肿分枝杆菌massiliense 亚种菌群导致了11例患者之间的集体发病，证明这11例患者之间存在相互传染。这11例患者分离到的菌株基因测序近乎完全相同，基因的碱基差异小于10对，与对照组脓肿亚种和bolletii亚种患者分离到的单独感染的菌株比较，其基因多形性方面存在显著差异，强烈提示massiliense亚种患者之间的传染。这11例患者集体发病发期间进行了多次的广泛环境(供水系统，淋浴喷头，洗碗机，气管镜，水塘，医院内河流等)检测并没有培养出非结核分枝杆菌，PCR检测也是阴性，说明这些集体发病的患者感染的菌株并非来自环境。……